Ingénieur intégrateur en bioinformatique

Ingénieur Intégrateur en Bioinformatique

CDI·Ingénieur autreBac+5 / MasterLaboratoire SeqOIA·Paris 12 (France)Selon expérience

Date de prise de poste : 1 septembre 2025

Description du poste :
Ingénieur Bioinformatique, Intégration

SeqOIA :
Le laboratoire SeqOIA (Sequencing, Omics, Information Analysis), est l’un des deux
laboratoires nationaux de séquençage génomique à très haut débit sélectionné par le Ministère des
Solidarités et de la Santé, dans le cadre du plan gouvernemental France Médecine Génomique 2025
(PFMG 2025). Il a pour mission de permettre un accès égal de tous aux analyses génomiques afin de
faire bénéficier les patients atteints de cancer, de maladies rares ou de maladies plus communes des
dernières avancées en matière de médecine prédictive et personnalisée.
Doté d’une équipe bioinformatique dédiée (SeqOIA-IT), SeqOIA développe et déploie ses
propres solutions logicielles innovantes pour la prescription médicale (SPICE), l’analyse et
l’interprétation de données (GLEAVES). SeqOIA-IT s’appuie sur une infrastructure de calcul et
stockage HPC de 4000 coeurs, 18 To RAM, 2 Po de scratch et 10 Po d’archivage. Actuellement,
SeqOIA-IT traite 40000 équivalents génomes par an.

Identification du poste :

* Fonction : Ingénieur Intégrateur en Bioinformatique

Liaisons hiérarchiques :

* Responsable de l’équipe Intégration
* Directrice et directeur adjoints SeqOIA-IT
* Directeur SeqOIA-IT

Liaisons fonctionnelles :

* Les directions fonctionnelles des 3 membres du GCS pertinentes selon les sujets (Institut
Curie, Gustave Roussy et l’Assistance Public - Hôpitaux de Paris)
* La direction informatique/bioinformatique du laboratoire

Missions du poste :
Au sein du Laboratoire SeqOIA, l’Ingénieur Intégrateur en Bioinformatique exerce les missions
suivantes :

* Maintien opérationnel et gestion des analyses bioinformatiques exécutées dans le cadre de la
production
* Implémentation et mise à jour des pipelines et outils d’analyses
* Innovation, développement et mise en place des outils de gestion de la chaîne de production
* Support envers les différents acteurs impliqués dans la chaîne de traitement de données de
séquençageCompétences requises :
* Formations et/ou qualifications : école d’ingénieur ou formation universitaire équivalente
(Master, phD) en bioinformatique ou informatique
* Excellente connaissance de langages de script : Python, Bash et R
* Maîtrise d’un environnement Linux : Debian, Ubuntu
* Connaissance d’un gestionnaire de pipelines : Snakemake, NextFlow
* Bonnes pratiques de développement informatique (gestion de versions, tests fonctionnels,
etc..) : GitLab
* Création et utilisation de paquets Debian
* Connaissance des environnements virtuels : Docker
* Expérience de travail sur un environnement de cluster de calculs
* Rédaction de documentations

Qualités requises :

* Excellentes qualités relationnelles et organisationnelles
* Intérêt pour la génomique dans un contexte clinique
* Compétence rédactionnelle
* Faire preuve de rigueur
* Savoir gérer les priorités
* Faire preuve d’initiatives
* Adéquation avec les valeurs de l’hôpital public et d’une appétence pour les défis ambitieux

Localisation du poste :
Plateau technique bioinformatique (SeqOIA-IT)
Campus Picpus, 33 boulevard Picpus, 75012 PARIS

* Télétravail envisageable
* Participation au restaurant d’entreprise
* M. Jocelyn BRAYET, Responsable de l’équipe Intégration SeqOIA-IT,
* M. Camille BARETTE, Directeur adjoint SeqOIA-IT,

Procédure : Envoyer un mail avec CV + lettre de motivation aux différents contacts

Date limite : 31 juillet 2025

Offre publiée le 8 juillet 2025, affichage jusqu'au 31 juillet 2025

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