Vos missions en quelques mots Mission Générale : Contribuer aux activités de soin et de recherche translationnelle du laboratoire en participant à l’archivage des données brutes générées par les différents secteurs, au développement de pipeline d’analyse et à la structuration des résultats dans des bases de données interopérables pour les biologistes du laboratoire d’hématologie et la recherche. Missions détaillées : - Participer à l’archivage des données générées par le laboratoire (par exemple : données de cytométrie en flux, données de séquençage). - Développer et maintenir des pipelines d’analyse de données générées par le laboratoire (par exemple : données de séquençage capture, données de RNA-seq) et travailler en collaboration avec la plateforme de bio-informatique de l’APHP MOABI. - Former les ingénieur.es et technicien.nes du laboratoire au lancement de ces analyses. - Rédiger des protocoles d’utilisation des outils développés et de la gestion documentaire relative à la qualité. - Participer à la mise en place d’une base de données interopérable des résultats des données de soins générées par le laboratoire pour permettre leur utilisation par les biologistes du laboratoire. Profil recherché Profil : Niveau I (BAC4/5) Avoir des connaissances approfondies, théoriques et pratiques, en analyses courantes bio-informatique en génomique et dans la gestion de bases de données. Expérience professionnelle souhaitée dans le milieu hospitalier ou la recherche en biologie Compétences/savoir-faire requis : - Bonne maitrise des langages de programmation R, Python, Bash - Utilisation de gestionnaires de workflow (Snakemake, Nextflow) - Utilisation des systèmes d’exploitation Linux et de la compilation de logiciels - Expérience dans les principales analyses bio-informatique en santé (variant calling, RNA-seq) - Expérience dans la gestion de bases de données Connaissances requises : - Connaissances générales en médecine et en biologie, en particulier en génomique - Connaissances générales en statistiques - Maîtrise de l’anglais écrit Qualités professionnelles requises : - Grande rigueur dans le traitement des données - Capacité d’organisation et d’initiative - Apprécier le travail en équipe - Motivation et dynamisme apprendre et développer de nouvelles compétences
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