Responsable de l'activité de transcriptomique spatiale - h/f

Description entreprise :

L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

Rejoindre l’Inserm, c’est intégrer un institut engagé pour la parité et l’égalité professionnelle, la diversité et l’accompagnement de ses agents en situation de handicap, dès le recrutement et tout au long de la carrière. Afin de préserver le bien-être au travail, l’Inserm mène une politique active en matière de conditions de travail, reposant notamment sur un juste équilibre entre vie personnelle et vie professionnelle.

L'Inserm a reçu en 2016 le label européen HR Excellence in Research et s'est engagé à faire évoluer ses pratiques de recrutement et d'évaluation des chercheurs.



La mission de l’IGBMC est de décrypter le vivant, ses mécanismes biologiques et les maladies, à travers des projets scientifiques d’envergure, menés en collaboration avec des équipes internationales.

L’Institut valorise ses découvertes en participant au développement de traitements innovants, grâce à des partenariats avec les secteurs académique et industriel.

L’IGBMC, c'est près de 600 personnels de recherche, répartis en 4 départements scientifiques dédiées à la recherche en génétique, la biologie du développement et structurale, ainsi que la médecine translationnelle.
S’appuyant sur des équipements et plateformes scientifiques de haut niveau, l’Institut propose également un environnement de qualité pour la formation des jeunes chercheurs .

Lieu fertile à la créativité et la connaissance, les recherches menées à l’Institut ont conduit régulièrement à de nombreuses publications dans les plus grands journaux scientifiques et de nombreuses innovations ont émergé, notamment via la création de plusieurs start-ups .


Description du poste :

Missions principale : Vous prendrez la responsabilité de l’activité de transcriptomique spatiale sur la plateforme GenomEast qui concerne la mise en œuvre de trois technologies complémentaires, les solutions Xenium et Visium de 10X Genomics et le système GeoMx DSP de Bruker. Vous conseillerez les utilisateurs sur la technologie la plus appropriée à leur problématique, vous assurerez la coordination expérimentale des projets en travaillant à l’interface entre le service d'histopathologie, la plateforme d'imagerie et la plateforme GenomEast. Par une veille technologique et scientifique active, vous contribuerez à l’évaluation de nouveaux protocoles et technologies dans le but d’améliorer et d’étendre les prestations de la plateforme. Enfin, vous participerez au projet P4Health en partageant votre expertise lors des échanges scientifiques et technologiques organisés entre les institutions partenaires, en développant des protocoles opératoires standardisés et en rédigeant les rapports liés à l’avancement du projet.



Activités principales :

* Gérer les prestations de service en vigueur sur la plateforme
* Piloter les projets de développement (conception, mise en œuvre, suivi, analyse, compte rendu)
* Conduire la mise en production des nouveaux développements retenus
* Diffuser et valoriser les résultats des projets de développement auprès des collaborateurs de la plateforme et au sein des réseaux professionnels auxquels elle appartient (site internet, poster, présentation orale, publication)
* Réaliser une veille scientifique et technologique en lien avec la transcriptomique spatiale
* Préparer des protocoles détaillés et établir des procédures opératoires standardisées (SOP) pour la réalisation des études de transcriptomique spatiale et garantir une analyse et un reporting de haute qualité
* Définir les contrôles qualité nécessaires aux différentes étapes des expérimentations
* Collaborer avec les équipes scientifiques et les acteurs des institutions partenaires P4Health pour adapter les méthodologies en fonction des résultats des projets et des défis émergents
* Fournir un accompagnement scientifique et un support de dépannage aux équipes et aux partenaires P4Health
* Garantir une documentation adéquate et une traçabilité complète des activités des projets, à des fins d’audit et d’évaluation, conformément aux standards FAIR
* Contribuer aux activités communes de l’équipe (maintien et développement du Système de Management de la Qualité, mise en œuvre du dispositif Hygiène et Sécurité, gestion des échantillons, des réactifs et des consommables, entretien et suivi des équipements)
* Participer aux réunions du consortium P4Health

Profil recherché :

Connaissances :

* Bonnes connaissances en histopathologie et en techniques d’imagerie
* Connaissances générales en biologie cellulaire et moléculaire
* Connaissances de base des approches en transcriptomique, génomique et/ou épigénétique par séquençage à haut débit
* Connaissance du fonctionnement des plateformes de recherche en sciences du vivant
* Maîtrise de l’anglais scientifique à l’oral et à l’écrit
* Connaissance générale de la Norme ISO 9001



Savoir-faire :

* Expérience significative en histologie, Immunomarquage et microscopie à fluorescence
* Expérience pratique de la gestion et de l’analyse d’images microscopiques (Exemple Image J)
* Maîtrise des techniques générales de biologie moléculaire (extraction, purification, hybridation, marquage, amplification d’acides nucléiques)
* Une première expérience sur le pilotage d’un séquenceur Illumina ou sur la préparation de banque de séquençage haut débit serait un plus.



Aptitudes :

* Capacité de synthèse et de présentation à l’oral et à l’écrit.
* Capacité à transmettre un savoir-faire technique
* Aptitude au dialogue avec des scientifiques issus de différents domaines
* Rigueur et organisation
* Sens du service
* Respect des règles de déontologie et de confidentialité
* Planification et gestion des priorités
* Esprit critique et curiosité scientifique
* Travail en équipe



Expérience(s) souhaitée(s) : un premier stage dans l’un des domaines d’activité suivants : histologie, imagerie du vivant et/ou biologie cellulaire et moléculaire.