Stage bio-informatique

Description du poste Sujet de stage : Développement d’un outil bioinformatique de traitement de données de séquençage NGS nanopore visant l’étude métagénomique de l’antibiorésistance microbienne. Missions Vos principales missions seront les suivantes : Au sein du Département des Expertises Scientifiques et Technologiques de Veolia, l'équipe Monitoring & Caractérisation contribue notamment à des projets transverses de développement de procédés biologiques innovants pour le traitement et la valorisation des déchets solides et des effluents liquides, ainsi qu’à des projets de maîtrise de la qualité de l’eau ou d’optimisation opérationnelle. L’activité du Pôle s’appuie sur des outils de Biotechnologies développés sur des matrices complexes (approches méta“omiques”, PCR quantitative, microscopie) qui permettent de déterminer la composition des communautés biologiques et de quantifier certaines de leurs fonctions et activités. Sous la responsabilité d’un chercheur, vous intégrez une/des équipe(s) projet. Vous disposez de solides connaissances scientifiques et techniques en microbiologie et biologie moléculaire des communautés microbiennes, ainsi qu’en bio-informatique, et vous aurez à votre charge les missions suivantes: Porter un regard critique sur les travaux engagés. Construire un outil fonctionnel, entièrement maîtrisé et paramétrable pour le traitement de données de séquençage nanopore. Réaliser une étude comparative entre les résultats obtenus avec l’outil développé et ceux de solutions existantes. Présenter et expliciter les travaux réalisés. Rédaction d’un rapport