Thèse de doctorat h/f : une histoire paléogénomique du cheval domestique en eurasie.

Vos missions en quelques mots Sujet de thèse : La domestication du cheval dans les steppes de la basse vallée du Don et de la Volga il y a 4200 ans a constitué un véritable tournant dans l'histoire des sociétés humaines, affectant aussi bien la dynamique de leurs relations, que leur capacité à se faire la guerre et leurs systèmes de croyances. Le cheval les a en effet dotées d'une capacité à se déplacer à des vitesses encore inégalées sur de longues distances, facilitant ainsi les contacts et les échanges entre les peuples. Mais qu'il soit attelé aux chars de guerre ou monté, le cheval a aussi vite fait de prendre une place centrale dans l'arsenal militaire ; il a ainsi représenté un allié indispensable à l'expansion et à la défense de nombreux empires au cours de l'histoire, jusqu'à la seconde guerre mondiale où il cohabita avec les chars blindés motorisés. Par sa vitesse, sa puissance, et le prestige qui lui est associé, le cheval n'a enfin pas manqué d'être enterré aux côtés des humains, témoignant d'un lien fort, religieux, liant les deux espèces par-delà la mort. Si notre compréhension de l'histoire des chevaux n'a pu longtemps progresser que par les méthodes classiques de l'archéologie et des sciences historiques, elle a pu, ces dernières années, considérablement avancer grâce à l'essor des sciences génomiques, et en particulier notre capacité à cartographier les variations (épi)génétiques des chevaux à la fois dans l'espace et dans le temps, à partir de restes archéologiques vieux de quelques siècles à quelques milliers d'années. La connaissance des génomes des chevaux anciens nous permet ainsi désormais à la fois de retracer les réseaux de production et d'échange des chevaux, que de prédire leurs caractéristiques biologiques, révélant ainsi la diversité des pratiques d'élevage et rituelles déployées au cours de l'histoire. Dans le cadre des programmes ERC PEGASUS et ERC Synergy Horse Power, notre laboratoire a séquencer des milliers de génomes anciens de chevaux domestiques. Ces derniers datent principalement des trois derniers milliers d'années, et recoupent les chevaux utilisés par de très nombreuses cultures à travers l'Europe et l'Eurasie. Les données de génomes complets ayant déjà été générées et validées, ce travail de thèse reposera sur leur analyse bio-informatique, en vue de caractériser leurs variations (épi)génétiques, la dynamique à travers l'espace et le temps de la structure des populations, des effectifs efficaces de chevaux produits et des patrons de sélection. L'étude adoptera autant une échelle régionale, voire locale, focalisée sur des sites archéologiques proches caractérisés génétiquement par un long transect temporel, qu'une échelle globale visant à retrouver les périodes historico-culturelles marqués par des grands changements de stratégie d'échange et de production. Contexte : Le/la doctorant(e) sera hébergé au sein de l'équipe AGES du laboratoire CAGT. Ce laboratoire est une unité mixte du C Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr Profil recherché Contraintes et risques : Le.a candidat.e recruté.e aura des connaissances solides de génétique des populations et de génomique évolutive, et maîtrisera un langage informatique de programmation (e.g. bash, Perl, Python, R). Le.a candidat.e aura une expérience directe d'analyse de données de séquençage, en particulier dans la manipulation de vastes jeux d'alignement de données génomiques de nouvelle génération. Le.a candidat.e pourra communiquer en Anglais, une partie du laboratoire d'accueil étant non-francophone. Il/elle sera doué.e de capacités de synthèse des travaux en cours et sera soucieux.se d'appliquer les procédures idoines garantissant la réplicabilité des analyses bio-informatiques, notamment par la mise en place de procédures transparentes et reproductibles. Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français Seuil