Cette position d'ingénieur d'analyse d'images est disponible dans l'équipe Photosymbiose (photosymbiosis.com) au laboratoire de Physiologie Cellulaire et Végétale (UMR 5168). L'ingénieur fera partie du projet SymbiOcean financé par une bourse ERC consolidator, qui vise à étudier les photosymbioses du plancton marin à l'échelle subcellulaire, moléculaire et écologique. L´objectif principal du projet est de comprendre les changements morphologiques d'une microalgue marine en symbiose en appliquant la microscopie électronique 3D en mode cryogénique (cryo-EM), avec un focus sur les chloroplastes. L'ingénieur aura comme mission de mettre en place des programmes d'analyse d'images issues de la cryo-EM et reconstruire en 3 dimensions les structures cellulaires d'une microalgue en symbiose comme le chloroplaste.
Activités
- Analyse d'images (filtration, alignement, segmentation, reconstruction 3D) à partir de microscopie électronique 3D en mode cryogénique
- Écriture de rapports et articles scientifiques
- Gestion de base de données
Compétences
- Biologie cellulaire ou biophysique en utilisant la microscopie électronique et/ou corrélative.
- Connaissances et expertise en analyse d'images pour reconstruction 3D après FIB-SEM ou cryo-TEM.
- Aptitude à travailler de manière autonome dans un environnement interdisciplinaire et international, et d´interagir dans un groupe de recherche jeune et dynamique.
Contexte de travail
L'ingénieur fera partie de l´équipe Photosymbiose (photosymbiosis.com) du laboratoire de Physiologie Cellulaire et Végétale (UMR 5168 - CNRS -CEA - Univ. Grenoble Alpes - INRAe) au sein de l'institut IRIG du CEA de Grenoble. Les projets de l´équipe visent à mieux comprendre le fonctionnement des photosymbioses unicellulaires en combinant des approches de microscopie subcellulaire (nanoSIMS, Synchrotron X-Ray fluorescence, microscopie électronique 3D). Localement, le projet sera en étroite collaboration avec l'institut IRIG : plateforme INAC (IRIG) et l'Institut de Biologie Structurale (IBS, Grenoble). Cette position s'insère dans un projet financé par une ERC consolidator (SymbiOCEAN) mené par l'équipe Photosymbiose. De nombreuses interactions se feront avec les plateformes d'imagerie de Grenoble et EMBL, et les partenaires locaux et internationaux du projet lors de meetings.
Contraintes et risques Pas de risques
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