Stage microbiologie (culturale & moléculaire) appliquée au compostage

Collaboration UMR FARE (URCA/INRAE) × COMPOSTU — Lieu : UMR FARE, Reims —
Durée : 6 mois (démarrage souhaité janvier/février 2026)

Contexte & mission

COMPOSTU est une startup qui valorise les biodéchets par le compostage. En
collaboration avec l’UMR FARE, nous visons à standardiser un inoculum microbien
pour améliorer la performance et la reproductibilité de nos procédés.
Le stage se déroule au laboratoire (UMR FARE), au contact des chercheur·euse·s, pour le compte de COMPOSTU (co-encadrement scientifique & R&D).
Objectifs clés du stage

• Identifier, quantifier et isoler les microorganismes d’un mélange microbien
complexe (inoculum de compostage).
• Combiner analyses moléculaires (NGS, qPCR) et approches culturales pour
bâtir une collection de souches caractérisées.
• Évaluer la viabilité/stabilité des souches (seules & en consortium) et proposer
un inoculum standardisé prêt à tester.


Vos missions

Mettre en place une chaîne d’analyse (extraction ADN, qPCR, pipeline NGS)
pour estimer diversité relative & absolue.
• Isoler, conserver (cryobanque) et annoter les souches constitutives de
l’inoculum.
• Concevoir des tests de viabilité & suivi temporel (souches seules/mélanges) et
définir des critères de performance.
• Assurer une veille ciblée (communautés microbiennes → compostage) et des
synthèses régulières.
• Produire de la documentation technique (protocoles reproductibles, fiches
souches) et participer à la coordination projet UMR FARE × COMPOSTU.


Vos compétences

Niveau : Master 2 ou Ingénieur·e — Parcours : Microbiologie / Écologie microbienne / Biotechnologies.
Must-have
• Solides bases en microbiologie culturale et biologie moléculaire (PCR,
extraction ADN, qPCR).
• Rigueur expérimentale, traçabilité, autonomie et communication claire.
• Nice-to-have
• Notions d’analyses omiques (NGS, QIIME2/DADA2, R/Python).
• Anglais scientifique (lecture/synthèse).
• Appétence startup : sens de l’impact, priorisation, delivery.


Avantages

Environnement & encadrement
• Lieu : UMR FARE, 2 esplanade Roland Garros, 51100 Reims. Travail quotidien au
laboratoire avec l’équipe FARE.
• Encadrement : co-supervision scientifique (UMR FARE) & produit/R&D
(COMPOSTU).
• Moyens : accès aux équipements & plateformes du labo ; outils collaboratifs de
la startup.

Conditions
• Type : Stage conventionné, 6 mois à temps plein.
• Démarrage : Janvier/Février 2026.
• Gratification : au moins la gratification légale en vigueur en France.



Startup Greentech proposant des composteurs rapides et économiques partagés pour restaurants en ville. Actuellement incubée à Innovact by QuestForChange à Reims, membre de la FrenchTech et BioeconomyForChange.