Bio-informaticien

L’Anses recrute un Bio-informaticien (H/F)
Contrat à durée déterminée de droit public de 24 mois -
Conditions particulières :
Vous travaillerez en laboratoire P2+(locaux en pression négative, changement de vêtements à l’entrée et à la sortie).
Rattaché à l’équipe bioinformatique de l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité, la personne recrutée s’appuiera sur les analyses de données de séquençage et sur un environnement déjà en place (gitlab, slurm, linux). Elle sera impliquée dans la conception et le développement d’une base de données relationnelle partagée par plusieurs unités. Outre sa capacité à gérer différents virus et leurs métadonnées associées, elle fera l’objet de mises à jour automatiques régulières et disposera d’interfaces web conviviales pour son utilisation (django). La direction pilote :
ANSES, laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort.
Au sein du laboratoire Anses de Ploufragan-Plouzané-Niort, l’Unité de Génétique Virale et Biosécurité (UGVB) est une unité à positionnement transversal avec une forte orientation de son activité axée sur l’innovation appliquée aux méthodologies analytiques moléculaires et aux approches bioinformatiques associées.
Elle contribue grâce à une dynamique de plateforme (NGS, transcriptomique, séquençage long reads) à fournir un environnement scientifique et technique propice aux activités de recherche et de référence du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort ainsi qu’aux autres unités de l’ANSES.
Vous rejoindrez une équipe de quatre personnes dédiées à l’analyse de données de séquençage haut débit et collaborerez également avec les deux bioinformaticiens des Laboratoires Nationaux de Référence (LNR) Influenza Porcin (unité de Virologie et Immunologie Porcines, VIP) et Aviaire (Unité de Virologie, Immunologie, Parasitologie Aviaires et Cunicoles, VIPAC).
Votre quotidien
Conception d’une base de données de virus répondant au cahier des charges des laboratoires de référence.
Développement de la base de données, des formulaires et/ou scripts d’import, des interfaces web (django).
Automatisation de sa mise à jour avec des séquences de banques de données publiques. Bibliographie, création de la documentation et formation des utilisateurs.
Formation et expérience requises :

~ De formation bioinformatique Bac+5 (Bac+3 minimum), vous avez un goût prononcé pour le développement et avez des connaissances biologiques générales.
Programmation en Python, Django, (Snakemake)
Connaissances de SQL, conda/mamba, git et gitlab, singularity idéalement
Une connaissance préalable des outils bioinformatiques et des méthodes de traitement des données issues de séquençages haut débit serait un plus.
Bonne maîtrise de l’anglais technique lu, écrit, parlé
Maîtrise des environnements Linux/Unix
L’Anses recrute, accompagne et valorise les talents dans leur diversité pour s’engager au service de la santé publique.