Stage acoustique pour l’identification et la surveillance d'une nou...

Contexte du recrutement et définition de poste :

PatriNat – unité co-habilitée par le Muséum national d’Histoire naturelle (MNHN), l’Office français de la biodiversité (OFB), le Centre national de la recherche scientifique (CNRS) et l’Institut de recherche pour le développement (IRD) – a pour mission de produire une expertise scientifique et technique en faveur de la conservation de la biodiversité.

Au sein du MNHN, PatriNat est rattachée à la Direction Générale Déléguée Recherche, Expertise, Valorisation et Enseignement (DGD REVE), et a pour objectif de fournir, en lien fort avec les activités de recherche, une expertise scientifique sur la biodiversité et la géodiversité de France hexagonale, corse et ultra-marine, sur les thématiques terrestres et marines, pour l’environnement passé et actuel. Cette expertise et l’ingénierie associée porte sur la connaissance du patrimoine naturel, dont les systèmes d'informations, et sur l'application de ces connaissances pour l'appui aux politiques et programmes de conservation de la biodiversité.

La LPO France est une association nationale reconnue d’utilité publique par décret du 3 juillet 1986. La LPO agit pour la biodiversité par la connaissance et la protection des espèces ; le développement et la préservation des espaces ; la sensibilisation et la mobilisation des citoyens ; l’accompagnement des entreprises et des collectivités.

CONTEXTE

Jusqu’à récemment considérées comme de simples sous-espèces de l’Accenteur mouchet (Prunella modularis), les populations ibérique (P. m. mabbotti) et du Caucase (P. m. obscura) de ce taxon ont été proposées comme espèces distinctes sur la base de différences morphologiques, génétiques et vocales. Dans un article publié en 2021, Gillespie et al. présentent une synthèse de ces données et concluent à la nécessaire élévation au rang spécifique des deux sous-espèces, mabbotti et obscura. Ces travaux s’appuient notamment sur des différences significatives de vocalisations entre les taxons, ainsi que des différences de coloration de certaines parties du plumage. Il est également possible que mabbotti et modularis montrent une ségrégation de niche écologique (altitude, habitat, phénologie) sur leur zone géographique de contact en Occitanie, sur le versant nord des Pyrénées françaises. De fait, la communauté ornithologique française se retrouve confrontée à un nouveau défi, puisque deux espèces cryptiques, jusqu’alors regroupées sous le nom générique d’Accenteur mouchet, occuperaient le territoire national. Par ailleurs, la France, située sur la zone de contact des deux taxons (dont l’un endémique du Sud-Ouest de l’Europe) endosserait une responsabilité particulière dans la conservation des deux espèces. A terme, ces deux espèces devraient bénéficier de suivis dédiés et distincts dans le cadre de l’application de la Directive Oiseaux ou de la révision de la Liste rouge des oiseaux de France.

Cependant, la distribution géographique exacte de l’Accenteur ibérique et de l’Accenteur mouchet restent imparfaitement connue, en particulier dans les zones de contact potentielles, comme le versant nord des Pyrénées. Une étude fine des caractéristiques acoustiques des chants et des cris de contact, et de leur potentielle variation géographique, centrée sur la zone pyrénéenne, permettrait de déterminer finement la répartition de ce taxon sur notre territoire, de tester l’existence ou non d’une zone de contact avec P. modularis et, potentiellement de mieux comprendre leurs dynamiques évolutives et reproductives. Ce stage s’inscrit donc dans une démarche visant à s’appuyer sur l’étude acoustique des vocalisations de mabbotti et modularis pour différencier ces deux taxons, en complément d’études sur le plumage et la différenciation phylogénétique.

OBJECTIFS DU STAGE

1. Quantifier de façon fine les caractéristiques acoustiques des chants et cris de contact de l’Accenteur mouchet et de l’Accenteur ibérique, au niveau inter et intra-spécifique sur un gradient latitudinal.
2. Explorer la significativité statistique des différences de paramètres acoustiques et mettre en avant des critères fiables, robustes et généralisables d’identification
3. Comparer les répertoires vocaux des deux espèces afin de tester leur divergence et la validité de leur statut spécifique, notamment sur la diversité des cris de contact.
4. Explorer la structure acoustique des populations présentes dans les Pyrénées afin d’évaluer l’existence d’une zone de contact ou d’hybridation sur un gradient géographique est-ouest de la chaîne, correspondant à un gradient bioclimatique majeur des Pyrénées Orientales au Pays basque.
5. Formuler des préconisations pour la surveillance et la conservation des deux espèces en France.

MISSIONS ET ACTIVITES

6. Construire une base de données d’enregistrements de chants et cris pour les deux espèces, en compilant des données issues de bibliothèques sonores en ligne, de partenaires et d’enregistrements de terrain.
7. Participer à des sessions de terrain pour collecter de nouvelles vocalisations sur les sites de reproduction des deux taxons ainsi que dans la zone potentielle de contact dans les Pyrénées.
8. Réaliser les analyses acoustiques à l’aide de logiciels spécialisés (ex. Raven, Audacity, ou packages R dédiés).
9. Mener une analyse statistique (classifications, calcul d’information spécifique, analyses multivariées) pour évaluer la divergence vocale entre les taxons.
10. Formuler des préconisations concernant l’identification des deux taxons, dans la perspective d’améliorer (1) la connaissance du statut de conservation actuel de mabbotti, et (2) l’intégration des 2 taxons dans les suivis à long terme existants (par ex STOC, EPOC et SHOC, suivis RN et PN)
11. Reverser les enregistrements réalisés dans la sonothèque du MNHN et les données de terrain dans le SINP.

Partenaires : Le stage sera basé à la LPO France, à Rochefort (17). L’encadrement sera réalisé par Paul Coiffard et Jérémy Dupuy à la LPO France et Stanislas Wroza à Patrinat (OFB-MNHN-CNRS). Les partenaires du projet - Luc Barbaro (INRAE), Jules Chiffard Carricaburu (OFB), David Funosas, (CNRS), Frédéric Sèbe (OFB) participeront activement à l’encadrement scientifique et à l’interprétation des résultats.

CONDITIONS

12. Durée : six mois entre février et août 2026
13. Localisation : Rochefort (17)
14. Rémunération : selon réglementation en vigueur

PROCEDURE

Le dossier de candidature est à envoyer par courriel avant le 14 décembre 2025 à : Stanislas Wroza () et Paul Coiffard ().

Ce dossier comprendra un curriculum vitae détaillé, une lettre de motivation et tous les travaux susceptibles d'éclairer le jury. La sélection des dossiers sera suivie d’un entretien individuel.

Profil recherché :

CONDITIONS ADMINISTRATIVES REQUISES

Être étudiant(e) en seconde année de Master, ou équivalent en sciences de l’environnement ou acoustique.

QUALIFICATIONS REQUISES

15. Connaissances poussées en bioacoustique (traitement, annotation, analyse des sons).
16. Maîtrise des outils statistiques, notamment sous R (analyses multivariées, tests de classification, PCA, etc.).
17. Goût pour le terrain en zone montagneuse à fort dénivelé.
18. Une expérience ornithologique (chant, identification) est un plus apprécié.
19. Autonomie et réactivité ;
20. Rigueur scientifique, esprit de synthèse ;
21. Bonne capacité rédactionnelle ;