Enseignant-chercheur en bio-informatique appliquée à la génomique et à la métagénomique

Position and assignments

LE POSTE EN BREF

L’enseignant-chercheur recruté intégrera l’axe de compétences « numérique » et participera activement :

1. À la formation initiale et continue des étudiante·s, en assurant la conception, l’animation et la coordination pédagogique des cours et projets transversaux ;
2. Au développement scientifique, notamment à travers la recherche appliquée en analyses génomiques et métagénomiques, l’utilisation d’outils d’intelligence artificielle et de Machine Learning, et la mise en œuvre de workflows bioinformatiques ;
3. Au rayonnement de l’institution, et en développant des collaborations académiques et industrielles.

Il/elle interviendra dans les formations Bachelor, Cycle Ingénieur, Mastère Spécialisé, en français et en anglais

Le volet scientifique (expertise et recherche) sera défini en lien avec le laboratoire EBInnov, en cohérence avec les axes de recherche de l’EBI.

DETAILS DES MISSIONS

1. Enseignement et accompagnement des étudiants

Responsabilités pédagogiques sur les thématiques suivantes par dispensation ou supervision portant sur les thèmes suivants :

Analyses génomiques et métagénomiques :

4. Recherche, extraction et interprétation de séquences génomiques à partir de bases comme NCBI et ENSEMBL.
5. Alignements, recherche d’homologies, annotations fonctionnelles et construction d’arbres phylogénétiques (comparative genomics).
6. Traitement de données massives issues du séquençage haut débit (NGS), incluant les analyses single-cell, spatial omics et exposome.
7. Déploiement et supervision de workflows bioinformatiques sur des environnements cloud ou HPC.

Traitement et analyse de données et en intelligence artificielle :

8. Enseignement des méthodes statistiques appliquées aux données biologiques et biotechnologiques
9. Introduction à l’intelligence artificielle : concepts clés, algorithmes de machine learning et les bases du deep learning.
10. Mise en œuvre pratique avec Python

Projets interdisciplinaires :

11. Conception et supervision de projets en lien avec les besoins industriels
12. Intégration de l’approche par compétences et des outils numériques
13. Encadrement des projets étudiants, stages et travaux appliqués.

Le-la candidat.e :

14. Assurera en pleine responsabilité les cours définis par la responsable de l'axe en lien avec le comité des programmes
15. Concevra, structurera et délivrera des enseignements en français et en anglais dans son domaine, en produisant l’ensemble des supports pédagogiques nécessaires
16. Interviendra en cours magistraux, TD, TP, projets, en cycle préparatoire (Bac ), ingénieur (Bac ), Bachelor, Mastère spécialisé
17. Mobilisera le réseau alumni et professionnel pour enrichir les interventions
18. Concevra et réalisera les évaluations de savoirs et de compétences associés aux enseignements de son domaine
19. Accompagnera les étudiant.e.s dans leurs projets académiques et d’innovation
20. Assurera annuellement le tutorat d’étudiants et les guidera dans leurs projets, méthodes de travail et développement personnel
21. Suivra des stages de courte durée ou de fin d’études

2. Recherche, Expertise, Formation continue et Conseil

Les activités de recherche seront conduites au sein du laboratoire EBInnov. Le·la candidat·e devra :

22. Développer des activités de recherche, d’expertise et de conseil en lien avec les secteurs industriels de l’EBI.
23. Encadrer des projets scientifiques, répondre à des appels d’offres et développer des collaborations industrielles.
24. Concevoir et animer des modules de formation continue à destination des professionnels.
25. Rédiger des projets de recherche et participer à des appels d’offres, notamment pour des financements compétitifs.
26. Publier régulièrement dans des revues scientifiques de référence.
27. Encadrer des, stagiaires, doctorants et post-doctorants, et assurer un mentorat scientifique.

3. Contribution à la vie institutionnelle

Le-la candidat.e participera aux instances académiques et administratives en lien avec ses missions, notamment :

28. Journées portes ouvertes, jurys d’admission
29. Commissions internes (programmes, qualité, vie étudiante…)
30. Ces missions s’appuient sur les compétences de chaque membre de l’équipe.

Geographic mobility:

International

Telework

Occasionnal
42 jours par an

Starting date

-09-01

Profile

LE PROFIL IDÉAL

31. Doctorat en bioinformatique, biostatistique, biotechnologie ou domaine connexe.
32. Expérience industrielle ou académique serai apprécié dans les secteurs pharmaceutiques, cosmétique ou biotechnologique.
33. Maîtrise des bases de données génomiques et des outils bioinformatiques
34. Expertise en analyses génomiques et métagénomiques, y compris comparative genomics, single-cell et exposome.
35. Maîtrise des workflows bioinformatiques et des environnements collaboratifs
36. Compétences avancées en Machine Learning, Deep Learning et intelligence artificielle appliquée aux biotechnologies
37. Gestion et structuration de données massives issues du séquençage haut débit (NGS).
38. Maîtrise des outils statistiques et de visualisation de données (R, Python, Power BI).
39. Capacité à concevoir et à dispenser des formations pédagogiques innovantes, intégrant la pédagogie active.

QUALITÉS PROFESSIONNELLES ET PERSONNELLES

40. Excellente capacité de transmission des connaissances et sens de la pédagogie.
41. Communication scientifique et vulgarisation : capacité à synthétiser et transmettre des résultats complexes à différents publics.
42. Parfaite aisance en français et en anglais (oral et écrit).
43. Autonomie, rigueur et esprit d’équipe.
44. Capacité à travailler dans un environnement multidisciplinaire et à collaborer avec les équipes pédagogiques et industrielles.
45. Sens de l’innovation pédagogique et de la mise en œuvre de projets concrets en lien avec les besoins industriels et scientifiques.
46. Maîtrise des outils bureautiques et collaboratifs (Microsoft )

LES + RECHERCHÉS

47. Expertises en big data, single-cell ou spatial omics.
48. Expérience dans la formation et l’encadrement d’étudiants.
49. Maîtrise des outils pédagogiques numériques.
50. Qualification Maître de Conférences (section CNU 61, 64 ou 69).

LE CONTRAT

51. CDI, à pourvoir dès que possible
52. Rémunération brute annuelle : 36K€ à 42K€, selon expérience
53. Avantages : tickets restaurant, mutuelle, prévoyance, PEE
54. Poste basé à Cergy, avec déplacements ponctuels (national et international : enseignements, stages, congrès, salons, visites partenaires)

Goals

Objectifs visés à 1 an

Le·la candidat·e aura su :

55. Concevoir et assurer des enseignements dans son domaine
56. Réaliser h de face-à-face pédagogique
57. Évaluer les compétences étudiantes
58. Suivre et accompagner les stages et mémoires
59. Encadrer des projets étudiants innovants ou de recherche
60. Contribuer à des projets scientifiques (au moins une publication tous les 2 ans)
61. Proposer des évolutions pédagogiques et scientifiques