Topic description
La description et la compréhension des facteurs affectant la circulation d'agents infectieux dans les populations animales et leurs effets sur leur démographie sont importantes d'un point de vue fondamental, mais aussi appliqué. Ceci est en particulier illustré actuellement dans le cas des virus responsables de l'Influenza Aviaire Hautement Pathogène (IAHP) dans les populations de vertébrés sauvages, avec des implications en termes de conservation de la biodiversité, mais aussi potentiellement de risque zoonotique. Les épizooties récurrentes de choléra aviaire affectant plusieurs espèces d'oiseaux marins dans les terres australes sont aussi un sujet de préoccupation. Les menaces dues à des maladies infectieuses viennent en plus d'autres menaces du changement global associé aux activités humaines (réchauffement climatique, exploitation des ressources, espèces introduites…), et il est primordial de disposer de données sur l'état éco-épidémiologique de ces systèmes et de comprendre leurs dynamiques. Ceci est le cas de populations en France métropolitaine, mais aussi dans les zones polaires, où certains changements sont particulièrement forts. Dans le cadre de ce doctorat, il s'agira de d'explorer par l'analyse de données les facteurs affectant les dynamiques éco-épidémiologiques dans ces systèmes et l'utilité potentielle de mesures de gestion. En termes de mesures de gestions, il pourra être abordé l'importance de stratégies de suivi des dynamiques éco-épidémiologiques dans le temps et dans l'espace, et le recours potentiel à des approches vaccinales. Les travaux seront l'occasion d'illustrer l'importance de considérer les particularités de l'écologie (traits d'histoire de vie, mode d'approvisionnement alimentaire, phénologie, proportion du temps de présences aux colonies) et de l'immunologie des espèces hôtes, ainsi que les modes de transmission et la virulence des agents infectieux. Les analyses de données reposeront sur des jeux de données originaux acquis par l'équipe d'accueil (données observationnelles mais aussi expérimentales, intégrant différentes approches : démographie, sérologie, détection par PCR, suivi de déplacement par pose de GPS-UHF, phylogénétique) dans des systèmes naturels clefs, notamment dans la Réserve Nationale des Terres Australes (projets IPEV ECOPATH, ANR WILDFLU, CWRF). Les résultats pourront être utiles pour optimiser la mise en place de plans de surveillance sanitaire et de conservation de la biodiversité dans les systèmes étudiés. Les modèles utilisés combineront des modèles en compartiments afin de considérer les dynamiques écologiques et épidémiologiques.
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Describing and understanding factors affecting the distribution and circulation of infectious agents in animal populations is important for basic and applied reasons. Populations of wild vertebrates living in southern polar areas are increasingly the subject of threats from infectious diseases, which can add to other environmental threats. It is thus becoming critical to establish baseline data and sound understanding of the dynamics of host-parasite interactions in these systems. In some instance, such information can have clear potential management implications, such as in the context of the current panzootics of Highly Pathogenic Avian Influenza and the epidemics of avian cholera in seabird populations on Amsterdam Island in the Southern Indian Ocean. Populations of vertebrates breeding in colonies are especially important to study in those respects because they are distributed in very discrete units among and within which the transmission of infectious agents can be affected by various processes and can lead to disease outbreaks than can affect hundreds to thousands of individuals at the same time. In this project, we plan to explore how host life histories, pathogen modes of transmission and local interactions between species can affect the dynamics of circulation of pathogenic agents and the occurrence of possible outbreaks. We also plan to explore what management approaches, such a disease surveillance, eradication of introduced mammals and vaccination, could be beneficial to implement and how they could be optimized. In order to do so, we will combine complementary methodological approaches, notably modelling and the analyses of data and biological samples gathered in the field on individuals from various host species. The project will rely on the results obtained by our team over the previous years and on research programs conducted at various key sites (Crozet, Kerguelen, Amsterdam islands). The work will be conducted with key academic collaborators and in coordination with the National Nature Reserve of Terres Australes et Antarctiques Françaises. The results should have implications for the conservation of threatened species.
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Début de la thèse : 01/10/
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