Ingénieur de recherche (h/f) en biologie moléculaire, transcriptomique, microbiologie

Informations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR5239-FABDUV-005 Date de début de diffusion 20/02/2026 Date de parution 08/03/2026 Date de fin de diffusion 13/03/2026 Intitulé long de l'offre Ingénieur de recherche (H/F) en biologie moléculaire, transcriptomique, microbiologie Date limite de candidature 13/03/2026 Nature du contrat CDD d'1 an Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Experte / Expert en expérimentation, instrumentation et techniques biologiques Statut du poste Vacant Intitulé du poste Ingénieur de recherche (H/F) en biologie moléculaire, transcriptomique, microbiologie Descriptif de l'employeur Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique. Description du poste Missions : Afin de déterminer comment les mutations aléatoires contribuent à l’évolution de la régulation d’expression des gènes, l’équipe a entrepris la mise au point d’une approche de transcriptomique à haut débit (microcolony RNA-seq) permettant de quantifier les niveaux d’ARNm de milliers de génotypes de levure (S. cerevisiae) dans différents environnements. Vous aurez pour mission de : 1. Réaliser une expérience pilote de microcolony RNA-seq à une échelle intermédiaire (une centaine de génotypes et deux environnements) afin d’évaluer la précision des quantifications d’ARN et d'ajuster au besoin certains paramètres du protocole. 2. Appliquer le protocole final afin de caractériser le transcriptome de ~1200 souches de levures (collections de souches mutantes et sauvages déjà établies) dans 7 environnements (7 milieux de cultures). 3. Assurer la documentation et la transmission du savoir-faire sur la technique de microcolony RNA-seq. 4. Quantifier la valeur adaptative (taux de croissance) des ~1200 souches en environnements stables et en environnements fluctuants afin de déterminer comment la sélection agit sur la régulation d’expression des gènes. Pour cela, une approche de culture des ~1200 souches en compétition et de séquençage de code-barres génomiques (BAR-seq) sera mise en œuvre. Ces missions s’inscrivent au coeur du projet européen eGRIDE (ERC) dont l’ambition est de comprendre les mécanismes d’évolution de la régulation d’expression des gènes en fonction de l’environnement. Ce projet a pour but de déterminer comment l’évolution de la régulation génique dépend d’une part de l’effet des mutations aléatoires – « Quel champ des possibles ? », et d’autre part de la sélection – « Quels bénéfices et coûts de la régulation ? ». Pour cela, des approches novatrices de séquençage d’ARN à haut débit, de cartographie génétique et de mesure de la prolifération cellulaire en environnements dynamiques seront appliquées à un modèle biologique puissant: la levure S. cerevisiae. Les connaissances acquises sur ce système quantitatif très contrôlé permettront de mieux prédire l’évolution de la régulation des gènes, que ce soit lors de l’adaptation des espèces à leurs environnements naturels qui sont dynamiques ou lors de certains processus pathologiques. Activités : Vous serez amené(e) à : • Finaliser la mise au point du protocole de microcolony RNA-seq qui implique l’encapsulation de cellules de levure dans des billes d’alginate, la culture de microcolonies encapsulées dans différents milieux, le tri des capsules par BioSorter et la préparation de librairies d’ADNc pour l’analyse transcriptomique des microcolonies par NGS. • Préparer des librairies de microcolony RNA-seq à partir de centaines de génotypes dans différents environnements. • Réaliser des expériences de compétition et de BAR-seq à partir de populations de cellules génétiquement diverses maintenues en culture par Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr Conditions particulières d'exercice Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche. Descriptif du profil recherché Competences : Savoir : • Maîtrise indispensable des techniques de base en biologie moléculaire, incluant le clonage, la PCR et qPCR, l'extraction d'acides nucléiques, ainsi que l'électrophorèse. • Notre laboratoire étant international, une maîtrise solide de l'anglais est essentielle, notamment pour la lecture de protocoles et d'articles de recherche en anglais. Savoir-faire : • Expérience de préparation de librairies d’ADNc (RNA-seq) ou autres approches de NGS fortement recommandée. • Expérience de tri de cellules (FACS) ou grosses particules (BioSorter) très appréciée. • Expérience en microbiologie, particulièrement en génie génétique et manipulation de S. cerevisiae, souhaitée. • Compétence avérée pour la rédaction de protocoles et de comptes-rendus d’expériences clairs et précis. Savoir être : • Rigueur scientifique, méthodologique et expérimentale. • Adaptabilité, ingéniosité et persévérance face aux défis techniques. • Capacité à s’intégrer à une équipe et un laboratoire pour mener à bien un projet de recherche ambitieux. Contraintes et risques : Temps plein Oui Rémunération contractuels (en € brut/an) A partir de 3175 euros bruts mensuel selon expérience Localisation du poste Europe, France, Auvergne-Rhône-Alpes, Rhône (69) Géolocalisation du poste LYON 07 Lieu d'affectation (sans géolocalisation) 69364 LYON 07 (France) Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 7 Master/diplômes équivalents Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie) Langues Français (Seuil)