Ingénieur-e en bio-informatique pour l’analyse de données génomiques chez les abeilles

Vos missions en quelques mots Vous serez accueilli(e) au sein de l’unité GenPhySE de l’INRAE de Toulouse, dans l’équipe BeeGees, travaillant sur la diversité génétique et la génomique de l’abeille à miel (http://genphyse.inrae.fr/poles). Vos travaux porteront sur l’analyse de données de séquençage, dans le cadre du projet FecDist, sur l’étude de la fécondation des abeilles en milieu naturel, en vue de maîtriser la voie mâle dans les schémas de sélection.Description du projetLa reproduction chez l’abeille à miel Apis mellifera présente des caractéristiques uniques parmi les espèces d’élevage. La reine, unique femelle fertile dans une colonie, réalise un ou plusieurs vols nuptiaux quelques jours après sa naissance et s’accouple en plein vol avec plusieurs mâles — les faux-bourdons — dont elle stocke le sperme dans sa spermathèque. Afin de favoriser la génétique qui les intéresse, les sélectionneurs saturent l’environnement en disposant des ruches à mâles, produisant des faux-bourdons de la génétique d’intérêt en grand nombre. Néanmoins, comme de nombreux apiculteurs utilisent simultanément la même stratégie avec des fonds génétiques et intérêts de sélection différents, on peut s’interroger sur l’efficacité de cette pratique. Afin de tester l’efficacité du contrôle de la fécondation des reines, nous avons disposé des ruches à mâles à des distances variées autour d’un rucher de fécondation. La détection d’allèles spécifiques aux différents mâles sera réalisée par séquençage de génomes complets avec des « lectures courtes » et ce à la fois par le séquençage d’ouvrières filles des reines fécondées et de mâles provenant des ruches à mâles. Deux approches sont envisagées : (i) la recherche d’allèles diagnostiques au marqueurs SNPs et (ii) l’analyse des allèles du gène de détermination du sexe chez les abeilles à miel complementary sex determiner (csd), pour lequel plus de 100 allèles codants différents sont connus.Vous serez plus particulièrement en charge de l’analyse des données de séquençage massif. Des données disponibles au laboratoire pour plus de 1000 génomes de faux-bourdons haploïdes, seront utilisées afin d’affiner notre connaissance du locus hypervariable csd. L’analyse des données de séquençage en mélanges du projet FecDist permettra l’identification d’allèles SNP spécifiques à chaque origine de mâle et leur détection dans les séquences d’ouvrières filles des reines fécondées. Profil recherché Formation recommandée : Analyse de génomes, bio-informatique, génétiqueConnaissances souhaitées : bash, R, PythonExpérience appréciée : Expérience des traitements de données de séquençage haut-débit et sur l’utilisation de cluster de calcul linux. Une expérience avec des systèmes de workflows reproductibles (Nextflow, Snakemake ou équivalent) et un intérêt pour les abeilles / l’apiculture seraient un plus.Aptitudes recherchées : le travail d'équipe et la collaboration Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents