Ingénieur de recherche en bioanalyses et biostatistiques (h/f)

Position and assignments

Quelle sera votre mission ?

1. Vous participerez au traitement des données omiques, méta-omiques et multi-omiques en proposant des outils bio-informatiques et biostatistiques adaptés aux projets de recherche des unités du Centre Atlantique.
2. Vous contribuerez à la valorisation des résultats ainsi qu’à la gestion et à la dissémination de ces données, en coordination avec le reste du service SeBiMER.
3. Vous participerez au montage de projets collaboratifs sur les thématiques des laboratoires ainsi qu’à l’encadrement d’étudiant·e·s.
4. Vous prendrez part activement à l’animation scientifique locale en bioinformatique, en favorisant l’émergence de projets, le partage de bonnes pratiques et la montée en compétences des équipes, tout en assurant un lien fonctionnel étroit avec le reste du SeBiMER.

Quelles seront vos activités ?

5. Accompagnement des unités du Centre Atlantique dans le montage et suivi des projets sur le volet biostatistique et bioinformatique :

- Participation aux réunions scientifiques ;

- Animation des échanges avec les biologistes et chimistes ;

- Participation au montage de projet et à la définition du plan expérimental ;

- Interprétation et synthèse des données obtenues ;

- Présentation des résultats ;

- Rédaction des comptes-rendus et rapports scientifiques ;

6. Accompagnement et animation scientifique des équipes de recherche de l’Institut, en particulier du centre Atlantique, autour des approches biostatistiques et bioinformatiques, notamment :

- En prenant en charge et/ou en participant au support des analyses de données de type metabarcoding, metagenomique, metatranscriptomique, protéomique et metabolomique en y apportant des solutions biostatistiques ;

- En sélectionnant et mettant au point des pipelines d’analyses adaptés aux projets pris en charge notamment en termes d’analyses multi-omiques et/ou méta-omiques ;

- En préparant, coordonnant et animant des formations thématiques à destination des équipes de recherche ;

- En contribuant à la diffusion des bonnes pratiques de gestion des données omiques auprès des équipes de recherche ;

- En participant à la valorisation des résultats (publications scientifiques, conférences …) ;

7. Contribution aux missions du service de bioinformatique SeBiMER :

- Participation aux activités de bioanalyse, de support, de développement et de gestion de données ;

- Participation à un réseau d’interlocuteurs scientifiques national sur le volet bioinformatique ;

- Partage et mutualisation des méthodes d’analyse, des outils et des retours d’expérience ;



Avec qui travaillerez-vous ?

8. En interne :

Membres du SeBiMER, des autres services du département IRSI, notamment les équipes en charge du supercalculateur Datarmor et de la gestion de données SISMER ;

Unités de recherche Ifremer, en premier lieu les unités du centre Atlantique et scientifiques des UMRs qui collaborent avec l’Ifremer.

9. En externe :

Plateformes bio-informatiques françaises.

Geographic mobility:

International

Telework

Occasionnal

Profile

Qui êtes-vous ?

10. Bac en bioinformatique ou en biologie avec compétences en bioinformatique, de préférence. À défaut, Bac avec plusieurs années d’expérience significative sur une plateforme de bioinformatique.

Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

11. Expertise en analyse de données metabarcoding, metagenomique, metatranscriptomique, metabolomique et multi-omiques
12. Expertise en biostatistiques
13. Connaissances en écologie des communautés et écosystèmes
14. Programmation : Python, R
15. Scripting et workflows : maîtrise de Bash et connaissance de Nextflow ;
16. Maîtrise des outils de gestion de version et de collaboration (Git, GitLab, issue tracking, documentation technique) ;
17. Système d’exploitation Unix/Linux, connaissance des clusters de calcul ;
18. Bon niveau d’anglais technique, lu et écrit.

Vous avez les qualités suivantes :

19. Très bonne organisation et autonomie ;
20. Aisance relationnelle et sens du service ;
21. Capacité à travailler en équipe dans un contexte multi-tutelle et multi-site ;
22. Bonnes aptitudes à la communication et à la présentation écrite (en français et en anglais) ;
23. Capacité à animer un réseau d’interlocuteurs scientifiques dans un contexte multi-sites ;
24. Aptitude à jouer un rôle fédérateur
25. Esprit d’initiative et capacité de proposition ;
26. Capacité à structurer, prioriser et porter des actions collectives.