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Les dépérissements du vignoble, principalement dus à des maladies cryptogamiques occasionnées par des champignons parasites, engendrent de lourdes pertes économiques estimées entre 1 et 2 milliards d'euros sur 10 ans. Ils représentent un enjeu majeur pour la filière viticole française, puisque selon les pathogènes, les viticulteurs sont soit en impasse de traitement chimique ou ont recours à des fongicides, parfois de manière préventive, contribuant à la pression phytosanitaire tout en soulevant des enjeux de résistance et de coûts économique et environnemental.
Les coléoptères mycophages, consommateurs de champignons présents dans les sols ou sur la végétation, représentent un groupe fonctionnel sous-étudié mais dont le rôle dans le fonctionnement écologique des vignobles demeure inconnu. Des résultats préalables, ont mis en évidence une faune importante de ces insectes mycophages dans les vignes du Centre Val-de-Loire. Des analyses moléculaires exploratoires du compartiment interne de quelques individus ont révélé une importante diversité de taxons en champignons. Parmi eux, différents pathogènes de la vigne ont été identifiés, dont des champignons liés aux maladies du bois (e.g. esca, black-rot) et ceux responsables des moisissures de la grappe. Ces premiers résultats suggèrent que ces insectes pourraient jouer un rôle significatif dans les dynamiques microbiologiques, la santé des sols, et l'équilibre écologique des vignobles.
L'objectif de cette thèse sera donc de déterminer la diversité taxonomique des coléoptères mycophages dans les vignobles et la composition de leur alimentation, d'analyser les flux trophiques en laboratoire et d'explorer leurs rôle et fonctions écologiques dans les systèmes viticoles. Pour cela, des campagnes de collecte de ces insectes seront organisées dans le réseau de parcelles DEPHY/BSV de l'Indre et Loire, en collaboration avec l'Institut Français du Vin. Puis, leur régime alimentaire sera investigué au laboratoire, par l'analyse de leurs contenus intestinaux via l'utilisation de techniques d'analyses moléculaires à haut débit (metabarcode) et par des méthodes de traçage des flux de matière organique. Ceci permettra de mieux comprendre leurs interactions avec les champignons pathogènes et de définir leur rôle écologique dans les vignes. Le lien avec les pressions en maladie, les pratiques agricoles (travail du sol, mode de production) et les composantes paysagères pourront alors être étudiés.
Dans son ensemble, cette thèse permettra d'explorer si cette diversité de coléoptères mycophages est plutôt négative ou positive pour la santé des vignes. S'agit-il d'inoculum et de vecteurs de maladies ou, au contraire, de régulateurs avec une fonction de bio-indication avant apparition des symptômes des maladies de la vigne ? Les résultats alimenteront des réflexions et des pistes d'études complémentaires afin d'élaborer des outils de gestion dans un enjeu de durabilité des vignobles.
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The decline of vineyards, mainly due to cryptogamic diseases caused by parasitic fungi, results in heavy economic losses estimated at €1 to €2 billion over 10 years. This represents a major challenge for the French wine industry, since, depending on the pathogen, winegrowers either have no choice but to use chemical treatments or resort to fungicides, sometimes as a preventive measure, contributing to phytosanitary pressure while raising issues of resistance and economic and environmental costs.
Mycophagous beetles, which feed on fungi present in the soil or on vegetation, represent a functional group that has been understudied, but whose role in the ecological functioning of vineyards remains unknown. Preliminary results have highlighted a significant fauna of these mycophagous insects in the vineyards of the Centre Val-de-Loire region. Exploratory molecular analyses of the internal compartment of a few individuals revealed a significant diversity of fungal taxa. Among them, various vine pathogens have been identified, including fungi linked to wood diseases (e.g., esca, black rot) and those responsible for grape mold. These initial results suggest that these insects could play a significant role in microbiological dynamics, soil health, and the ecological balance of vineyards.
The objective of this thesis will therefore be to determine the taxonomic diversity of mycophagous beetles in vineyards and the composition of their diet, to analyze trophic flows in the laboratory, and to explore their ecological roles and functions in viticultural systems. To this end, insect collection campaigns will be organized in the DEPHY/BSV plot network in Indre-et-Loire, in collaboration with the French Wine Institute. The diet of the different species of mycophagous beetles will then be investigated in the laboratory by analyzing their intestinal contents using molecular analysis techniques (metabarcoding) and methods for tracing organic matter flows. This will provide a better understanding of their interactions with pathogenic fungi and define their ecological role in vineyards. The link with disease pressures, agricultural practices (tillage, production methods) and landscape components can then be studied.
Overall, this thesis will explore whether this diversity of mycophagous beetles is negative or positive for vine health. Are they inoculum and disease vectors or, on the contrary, regulators with a bioindication function before the onset of vine disease symptoms? The results will feed into discussions and avenues for further study with a view to developing management tools for sustainable vineyard management.
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Début de la thèse : 15/06/
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