Ingénieur.e de recherche en biologie génomique microbienne

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.


Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l'Unité Mixte de Recherche Herbivores (UMRH). Cette Unité a pour mission de produire, intégrer et diffuser des connaissances, et partager l’expertise pour concevoir des systèmes d’élevage herbivores multi-performants répondant aux enjeux des changements globaux (environnementaux, socio-économiques et transition numérique). L'Unité compte 118 personnes titulaires et accueille chaque année 70 personnes non-permanentes. Elle est organisée en 4 équipes de recherche, une équipe de Direction et une équipe d’appui.

Vous travaillerez au sein de l'équipeDINAMIC (Digestion, Nutrition, Aliments, Métabolisme, Microbes), spécialisée dans l’étude des communautés microbiennes associées aux herbivores et de leur rôle dans la santé, la nutrition et les émissions environnementales.

Votre mission consistera à développer, adapter et mettre en œuvre des approches expérimentales et analytiques en biologie génomique microbienne, appliquées à l’étude du microbiote ruminal dans une approchelongitudinale et multiomique.

Vous serez plus particulièrement en charge de:

1. Extraire et préparer des acides nucléiques (ADN, ARN) à partir d’échantillons ruminaux et fécaux, incluant bactéries, archées, champignons et protozoaires, dans le respect des bonnes pratiques expérimentales;
2. Participer à l’analyse intégrative des données multiomiques (génomique, métabolomique, transcriptomique), notamment dans des études longitudinales visant à comprendre la dynamique et les interactions du microbiote au cours du temps ou en réponse à des facteurs nutritionnels et environnementaux;
3. Collaborer étroitement avec les chercheurs, ingénieurs et doctorants pour interpréter les résultats et transférer les méthodologies développées;
4. Participer à la valorisation scientifique des travaux : rédaction de rapports, contribution à la rédaction et à la publication d’articles dans des revues internationales à comité de lecture et présentation des résultats lors de réunions de projet.

* Travail en laboratoire;
* Participation à des campagnes d’échantillonnage sur animaux;
* Collaboration interdisciplinaire avec les plateformes de séquençage et de bio-informatique.


Formations et compétences recherchées

Master/Ingénieur (Bac+5)

Formation recommandée: Master ou Doctorat en microbiologie, biologie moléculaire ou génomique microbienne, avec une spécialisation en microbiote.

Connaissances souhaitées:

* Bonnes pratiques de laboratoire et maîtrise des techniques classiques et avancées de biologie moléculaire (extraction, PCR, qPCR, préparation de librairies NGS);
* Connaissances de base en bio-informatique et en analyse de données de séquençage (scripts R/Python, pipeline de traitement de données omiques);
* Compréhension des approches multiomiques et de leur intégration dans des modèles biologiques complexes;
* Intérêt pour l’étude des microbiotes.

Expérience appréciée:

* Expérience préalable dans l’analyse de microbiotes;
* Participation à des projets de recherche intégrant des suivis longitudinaux.

Aptitudes recherchées:

* Rigueur expérimentale et sens de l’organisation;
* Goût pour le travail collaboratif et interdisciplinaire;
* Capacité à analyser et synthétiser des données complexes;
* Curiosité scientifique et motivation à contribuer à des projets à fort impact environnemental et agronomique.


Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein) ;
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.

Le site de Theix situé à Saint-Genès-Champanelle est desservi par deux navettes dédiées aux agents INRAE qui relient le site à l'agglomération clermontoise, matin et soir, ainsi qu’une ligne de transport à la demande, il est également équipé de stationnements et de services dédiés à la pratique du vélo.


Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr