H/f doctorat en modélisation de la dynamique des communautés microbiennes complexes

Informations générales Organisme de rattachement CNRS Référence UMR8197-VALHER-217 Date de début de diffusion 28/01/2026 Date de parution 01/02/2026 Date de fin de diffusion 18/02/2026 Versant Fonction Publique de l'Etat Catégorie Catégorie A (cadre) Nature de l'emploi Emploi ouvert uniquement aux contractuels Domaine / Métier Recherche - Chercheuse / Chercheur Statut du poste Vacant Intitulé du poste H/F Doctorat en modélisation de la dynamique des communautés microbiennes complexes Descriptif de l'employeur Le Centre national de la recherche scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieure et de la Recherche. Créé en 1939 et dirigé par des scientifiques, il a pour mission de faire progresser la connaissance et être utile à la société dans le respect des règles d’éthique, de déontologie et d’intégrité scientifique. Description du poste Sujet de thèse : Des paysages fonctionnels aux « espèces indicatrices » : intégrer la génomique et les données microbiologiques chronologiques pour prédire les fonctions communautaires Contexte : Travaux théoriques développés aux seins des groupes de Silvia De Monte (IBENS) et Daniel AMOR (LPENS et IAME-INSERM). Le/la candidat/e devra s’intégrer aux seins des deux groupes et répartissant son travail entre les deux. La partie expérimentale se développera à IAME-INSERM (campus de l’Hôpital Bichat), où le groupe de Daniel Amor a son laboratoire de microbiologie. Analyser des données de mesures bactériologiques (densité optique, fluorescence, morphologie des colonies, métagénomique, etc.). Conception et développement des modèles théoriques pour la dynamique des microbiennes naturelles et de laboratoire. Simulation des communautés in silico et analyse de ses tendences dynamiques à des niveaux individuel et statistique. Développer des techniques d’analyse pour évaluer l’impact des antibiotiques sur les communautés bactériennes. Choisir et adapter les protocoles pour cultiver des communautés bactériennes, mesurer les taux de croissance et aussi la résistance, tolérance et persistance chez les isolats naturels impliquées dans l'expérience. Conduire, en adaptant les conditions expérimentales, les techniques de bactériologie pour étudier la colonisation et la persistance des souches antibiorésistantes sur différentes communautés expérimentales. Participer à la formation et l'échange de connaissances avec les étudiants et autres membres de l’équipe. - Analyse statistique de données du microbiote après une exposition aux antibiotiques et d’autres traitements thérapeutiques - Analyse bio-informatique à partir des données de génomique de communautés bactériennes - Modélisation de la dynamique des communautés bactériennes en utilisant des équations différentielles ordinaires - Réaliser les techniques de base de bactériologie (cultures mono et polymicrobiennes, mesures de taux de croissance, antibiogramme, etc.) - Participer aux expériences in-vitro dans un modèle de communauté bactérienne exposée à l’invasion d’une ou plusieurs souches antibiorésistantes. - Participer à l'organisation quotidienne du laboratoire Conditions particulières d'exercice Le Centre national de la recherche scientifique est l’une des plus importantes institutions publiques au monde : 34 000 femmes et hommes (plus de 1 000 laboratoires et 200 métiers), en partenariat avec les universités et les grandes écoles, y font progresser les connaissances en explorant le vivant, la matière, l’Univers et le fonctionnement des sociétés humaines. Depuis plus de 80 ans, y sont développées des recherches pluri et interdisciplinaires sur tout le territoire national, en Europe et à l’international. Le lien étroit que le CNRS tisse entre ses missions de recherche et le transfert vers la société fait de lui un acteur clé de l’innovation en France et dans le monde. Le partenariat qui le lie avec les entreprises est le socle de sa politique de valorisation et les start-ups issues de ses laboratoires (près de 100 chaque année) témoignent du potentiel économique de ses travaux de recherche. Descriptif du profil recherché Contraintes et risques : - Risque lié aux agents biologiques - Risque lié aux équipements de travail (matériel dangereux, sous pression, outils vibrants, Equipements de Protection Individuelle - EPI contraignants) - Risque lié au travail sur écran (ergonomie) Temps plein Oui Rémunération contractuels (en € brut/an) La rémunération est d'un minimum de 2300,00 € mensuel Localisation du poste Europe, France, Île-de-France, Paris (75) Géolocalisation du poste PARIS 05 Lieu d'affectation (sans géolocalisation) 75230 PARIS 05 (France) Critères candidat Niveau d'études / Diplôme Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français (Seuil)