Chargé d’étude scientifique – surveillance génomique (f/h) - réf. dmi-cdd-2025-03

Chargé d’étude scientifique – Surveillance génomique (f/h) - réf. DMI-CDD-2025-03 Santé publique France depuis 11 Jours

Catégorie de l'offre d'emploi: Santé publique

La Direction des Maladies Infectieuses (DMI) de Santé publique France coordonne la surveillance nationale des maladies infectieuses et l’alerte dans ce domaine. Elle réalise ou participe à des études épidémiologiques descriptives ou analytiques, des projets d’analyse de risque ou de modélisation de la dynamique de la transmission des maladies infectieuses. La Direction est structurée en quatre unités thématiques: Infections zoonotiques, vectorielles et alimentaires (EAZ); Infections associées aux soins et Résistance aux antibiotiques (NOA); VIH, Hépatites B&C et IST (VHIT); Infections respiratoires et Vaccination (REV). Leurs activités s’articulent étroitement avec celles d’autres directions de l’agence, en particulier la direction Appuis, Traitements et Analyses de données (DATA), la direction des régions (DiRe), la direction Alerte et Crise (DAC) et la direction Prévention et Promotion de la Santé (DPPS).

Pour structurer et développer ses activités de surveillance et investigation des épidémies, la DMI développe une stratégie intégrée pour l’appui à la surveillance microbiologique des maladies infectieuses. Elle repose sur l’animation du réseau des Centres nationaux de référence (CNR), la récupération automatisée des données issues des analyses réalisées dans les laboratoires de biologie médicale et déjà structurées au sein de leurs systèmes d’information, et l’intégration des données de séquençage (NGS) aux données épidémiologiques.

L’axe concernant l’intégration des données de séquençage est développé depuis plusieurs années en lien avec les CNR et s’est accéléré pendant la pandémie de COVID-19 avec la création du consortium EMERGEN (Plateforme pour la surveillance moléculaire et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via le séquençage GENomique), coordonné par l’agence et l’ANRS-Maladies Infectieuses Emergentes (MIE). Depuis octobre 2024, l’ANRS-MIE coordonne, en lien avec Santé publique France et l’Anses, le projet EMERGEN 2.0, financé pour une durée de 5 ans par l’Agence nationale de la recherche (ANR) dans le cadre de la stratégie d’accélération MIE et du plan France 2030. Ce projet a vocation à inscrire dans la durée l’infrastructure et les méthodes de travail développées pendant la pandémie concernant le séquençage, et de les élargir à d’autres pathogènes que le SARS-CoV-2 dans une approche «Une seule santé» renforcée.


Missions / Contenu du poste

La personne recrutée est rattachée à la direction de la DMI, au sein d’un binôme dédié aux activités de Santé publique France dans le cadre du projet EMERGEN 2.0. En lien avec les autres épidémiologistes de la DMI, les autres directions de l’agence et les partenaires concernés, elle participera aux activités relatives à la surveillance génomique des maladies infectieuses.

Sous l’autorité du directeur de la DMI et la supervision du coordonnateur de programme «Surveillance Génomique», le chargé d’étude aura pour activités de :

* Contribuer aux réflexions stratégiques et travaux à conduire dans le cadre de l’extension progressive des activités du consortium à d’autres pathogènes (échanges avec les CNR concernés, compréhension de leurs besoins et suivi de leurs activités), en intégrant la dimension régionale en collaboration avec la Direction des Régions
* Contribuer aux travaux conduits au sein des différents work packages du projet EMRGEN 2.0 necessitant un accompagnement de Santé publique France (WP1«Structurer et organiser la collecte et l’analyse des échantillons»; WP2«Renforcer les ressources et infrastructures bio-informatiques»; WP3 «Coordonner et assurer la continuité des activités de surveillance et d’analyse épidémiologique »; WP5«Organiser et assurer le partage des données de séquençage)
* Contribuer aux travaux en lien avec la santé animale et environnementale dans une approche One Health (lien avec les LNR de l'Anses), incluant le suivi du volet surveillance génomique du projet SUM’EAU en coordination avec la DiRe
* Contribuer à la rédaction des livrables du projet EMERGEN 2.0 (bilan scientifique annuel) pour les activités relevant du périmètre de Santé publique France.
* Appuyer les cellules régionales de Santé publique France dans le cadre de l’investigation des signaux, l’animation des réseaux de laboratoires, la rétro-information des partenaires régionaux et toute autre activité en lien avec la surveillance génomique, en lien avec le référent «Maladies Infectieuses» de la Direction des Régions
* Contribuer à la conduite d’études épidémiologiques et d’investigations selon les besoins
* Conduire des activités de rétroinformation au sein de l’Agence et en externe, valorisation des activités du consortium via des publications/communications, contribution aux réponse aux partenaires nationaux et internationaux, tutelles et médias
* Contribuer aux liens avec l’ECDC et autres partenaires internationaux (HERA, projets européens, OMS) sur le thème de la surveillance génomique.


Compétences requises / profil attendu

- Bac+3 à Bac+5

- Master 2 en santé publique, épidémiologie ou microbiologie ou équivalent

- Expérience professionnelle souhaitée dans une structure d'épidémiologie ou de santé publique.

Aptitudes et compétences :

- Connaissances en épidémiologie des maladies infectieuses et/ou biologie médicale

- Maîtrise des outils d’analyse statistiques (R)

- Connaissance du système de santé publique français

- Rigueur scientifique, qualités d’analyse et de synthèse

- Capacités en communication écrite et orale

- Capacité de travail en partenariat, fortes capacités relationnelles, esprit d'équipe

- Capacités d’adaptation, d'anticipation, d'initiative et de décision

- Sens de l'organisation et autonomie dans le travail

- Dynamisme, sens des responsabilités, capacité à se mobiliser dans l’urgence

- Anglais lu, parlé et écrit

- Bonne maîtrise des outils bureautiques (Word, Excel, Outlook, Powerpoint)

Description de l'offre


Contexte

La Direction des Maladies Infectieuses (DMI) de Santé publique France coordonne la surveillance nationale des maladies infectieuses et l’alerte dans ce domaine. Elle réalise ou participe à des études épidémiologiques descriptives ou analytiques, des projets d’analyse de risque ou de modélisation de la dynamique de la transmission des maladies infectieuses. La Direction est structurée en quatre unités thématiques: Infections zoonotiques, vectorielles et alimentaires (EAZ); Infections associées aux soins et Résistance aux antibiotiques (NOA); VIH, Hépatites B&C et IST (VHIT); Infections respiratoires et Vaccination (REV). Leurs activités s’articulent étroitement avec celles d’autres directions de l’agence, en particulier la direction Appuis, Traitements et Analyses de données (DATA), la direction des régions (DiRe), la direction Alerte et Crise (DAC) et la direction Prévention et Promotion de la Santé (DPPS).

Pour structurer et développer ses activités de surveillance et investigation des épidémies, la DMI développe une stratégie intégrée pour l’appui à la surveillance microbiologique des maladies infectieuses. Elle repose sur l’animation du réseau des Centres nationaux de référence (CNR), la récupération automatisée des données issues des analyses réalisées dans les laboratoires de biologie médicale et déjà structurées au sein de leurs systèmes d’information, et l’intégration des données de séquençage (NGS) aux données épidémiologiques.

L’axe concernant l’intégration des données de séquençage est développé depuis plusieurs années en lien avec les CNR et s’est accéléré pendant la pandémie de COVID-19 avec la création du consortium EMERGEN (Plateforme pour la surveillance moléculaire et la recherche sur les infections à pathogènes EMERgents via le séquençage GENomique), coordonné par l’agence et l’ANRS-Maladies Infectieuses Emergentes (MIE). Depuis octobre 2024, l’ANRS-MIE coordonne, en lien avec Santé publique France et l’Anses, le projet EMERGEN 2.0, financé pour une durée de 5 ans par l’Agence nationale de la recherche (ANR) dans le cadre de la stratégie d’accélération MIE et du plan France 2030. Ce projet a vocation à inscrire dans la durée l’infrastructure et les méthodes de travail développées pendant la pandémie concernant le séquençage, et de les élargir à d’autres pathogènes que le SARS-CoV-2 dans une approche «Une seule santé» renforcée.


Missions / Contenu du poste

La personne recrutée est rattachée à la direction de la DMI, au sein d’un binôme dédié aux activités de Santé publique France dans le cadre du projet EMERGEN 2.0. En lien avec les autres épidémiologistes de la DMI, les autres directions de l’agence et les partenaires concernés, elle participera aux activités relatives à la surveillance génomique des maladies infectieuses.

Activités :

Sous l’autorité du directeur de la DMI et la supervision du coordonnateur de programme «Surveillance Génomique», le chargé d’étude aura pour activités de :

* Contribuer aux réflexions stratégiques et travaux à conduire dans le cadre de l’extension progressive des activités du consortium à d’autres pathogènes (échanges avec les CNR concernés, compréhension de leurs besoins et suivi de leurs activités), en intégrant la dimension régionale en collaboration avec la Direction des Régions
* Contribuer aux travaux conduits au sein des différents work packages du projet EMRGEN 2.0 necessitant un accompagnement de Santé publique France (WP1«Structurer et organiser la collecte et l’analyse des échantillons»; WP2«Renforcer les ressources et infrastructures bio-informatiques»; WP3 «Coordonner et assurer la continuité des activités de surveillance et d’analyse épidémiologique »; WP5«Organiser et assurer le partage des données de séquençage)
* Contribuer aux travaux en lien avec la santé animale et environnementale dans une approche One Health (lien avec les LNR de l'Anses), incluant le suivi du volet surveillance génomique du projet SUM’EAU en coordination avec la DiRe
* Contribuer à la rédaction des livrables du projet EMERGEN 2.0 (bilan scientifique annuel) pour les activités relevant du périmètre de Santé publique France.
* Appuyer les cellules régionales de Santé publique France dans le cadre de l’investigation des signaux, l’animation des réseaux de laboratoires, la rétro-information des partenaires régionaux et toute autre activité en lien avec la surveillance génomique, en lien avec le référent «Maladies Infectieuses» de la Direction des Régions
* Contribuer à la conduite d’études épidémiologiques et d’investigations selon les besoins
* Conduire des activités de rétroinformation au sein de l’Agence et en externe, valorisation des activités du consortium via des publications/communications, contribution aux réponse aux partenaires nationaux et internationaux, tutelles et médias
* Contribuer aux liens avec l’ECDC et autres partenaires internationaux (HERA, projets européens, OMS) sur le thème de la surveillance génomique.


Compétences requises / profil attendu

- Bac+3 à Bac+5

- Master 2 en santé publique, épidémiologie ou microbiologie ou équivalent

- Expérience professionnelle souhaitée dans une structure d'épidémiologie ou de santé publique.

Aptitudes et compétences :

- Connaissances en épidémiologie des maladies infectieuses et/ou biologie médicale

- Maîtrise des outils d’analyse statistiques (R)

- Connaissance du système de santé publique français

- Rigueur scientifique, qualités d’analyse et de synthèse

- Capacités en communication écrite et orale

- Capacité de travail en partenariat, fortes capacités relationnelles, esprit d'équipe

- Capacités d’adaptation, d'anticipation, d'initiative et de décision

- Sens de l'organisation et autonomie dans le travail

- Dynamisme, sens des responsabilités, capacité à se mobiliser dans l’urgence

- Anglais lu, parlé et écrit

- Bonne maîtrise des outils bureautiques (Word, Excel, Outlook, Powerpoint)

Modalités de candidature

Adresser les candidatures (lettre de motivation + CV) en indiquant la référence de l’annonce par courriel: recrut@santepubliquefrance.fr

* Les actualités générales de la santé publique
#J-18808-Ljbffr