Description du sujet :
Campylobacter est la principale cause de zoonoses dans l'Union européenne depuis dix ans, causant des symptômes gastro-intestinaux et parfois des complications graves comme les syndromes de Guillain-Barré. Bien que Campylobacter jejuni ne puisse se multiplier en présence d'oxygène ou à des températures inférieures à 30°C, il survit à divers stress environnementaux rencontrés lors de la transformation des denrées alimentaires. Les nouvelles méthodes de séquençage du génome offrent des opportunités pour mieux comprendre la variabilité du comportement des souches de Campylobacter et identifier des marqueurs génétiques. Ces avancées pourraient améliorer les modèles d'AQRM et permettre une identification plus précise des souches à risque, aidant à développer des interventions ciblées pour contrôler la contamination des aliments. La thèse portera sur la mise en évidence des marqueurs génétiques associés à la capacité de ce pathogène à persister dans un environnement industriel. Ce travail s'effectuera à partir d'une collection de souches isolées d'environnements industriels et dont le génome est déjà séquencé. La thèse, d'une durée de 3 ans, débutera en novembre 2024 et se terminera en octobre 2027.
La thèse sera articulée autour de 3 axes :
Axe 1 : Design expérimental : sélection des stress pertinents à investiguer
L'objectif principal de cet axe sera d'étudier la bibliographie en vue d'identifier les phénotypes/stress pertinents à sélectionner au regard du procédé de transformation de la denrée, afin de discriminer les souches de Campylobacter jejuni. Ces conditions seront ensuite appliquées dans l'axe 2.
Axe 2 : Réponse phénotypique de Campylobacter au(x) stress lié(s) au procédé de transformation des volailles
L'objectif de cet axe vise à (i) mettre au point des protocoles permettant de caractériser la réponse phénotypique au(x) stress sélectionné(s) et (ii) de quantifier la réponse au stress d'une centaine de souches de Campylobacter jejuni. L'objectif est d'identifier des groupes distincts à l'aide d'une méthode de clustering en lien avec les métadonnées, l'origine des souches (cliniques ou abattoir) les génotypes, etc.
Axe 3 : Etude d'association pangénomique pour mettre en évidence des marqueurs génétiques liés à la réponse au stress (en anglais, genome-wide association study, GWAS)
L'objectif de cet axe est d'utiliser l'approche GWAS pour analyser les variations génétiques chez les souches de C. jejuni testées afin d'étudier leurs corrélations avec les traits phénotypiques mis en évidence dans l'Axe 2. Cela conduira à la mise en évidence de marqueurs génétiques liés à la réponse au stress chez ce pathogène. Ce travail s'effectuera en interaction avec le Laboratoire de référence de l'Union européenne pour Campylobacter situé au Swedish Veterinary Agency, en Suède.
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