Ingénieur / ingénieure de recherche scientifique (h/f)

Mission : Ce travail s'inscrit dans un projet financé par l'INCa qui vise à étudier les régulations traductionnelles par « ribosome profiling » dans différents systèmes biologiques, des bactéries pathogènes aux cellules humaines (saines ou cancéreuses). Cette approche permet une vision globale de la traduction de l'ensemble des ARNm de la cellule, à l'échelle du génome et résolue au codon, grâce au séquençage massif des fragments d'ARNm protégés par le ribosome. L'objectif est de comprendre les mécanismes de régulation qui se mettent en place en réponse à différents stress, ou en fonction des modifications chimiques présentes sur les ARNt et les ARNr. Activités : L'activité de la personne recrutée se fera sous la direction scientifique du responsable du projet. Elle sera en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit générées dans l'équipe (ribosome profiling, RNA-seq, séquençage direct d'ARN) à partir de cellules humaines saines ou cancéreuses et de bactéries pathogènes. Il s'agit d'un environnement de travail riche et stimulant, qui nécessite de traiter des données variées. Ce travail sera complété par le développement et la maintenance d'outils informatiques spécifiques à l'analyse du traductome (RiboSeq) et des modifications chimiques portées par les ARN (ARNt, ARNr). Ces outils permettront une analyse qualitative et quantitative des résultats de séquençage, afin de regrouper les gènes candidats par familles fonctionnelles (clusters). Pour cela, il ou elle devra notamment : - analyser la littérature scientifique ; - identifier les réseaux de gènes impliqués dans les différentes conditions expérimentales ; - mettre en relation les profils de traduction avec les modifications des ARN ; - interroger les banques de données en ligne (KEGG, Gene Ontology, etc.). - identifier les déterminants communs expliquant les régulations observées.