Cdd d'ingénieur d'étude/recherche en développement c/c++ d'1 an

Contexte et atouts du poste

Inria recrute en CDD de 12 mois un·e ingénieur⋅e développement en C/C++ pour le consortium VidjilNet, afin d’assister les structures hospitalières ayant choisi de travailler avec le logiciel Vidjil pour l’analyse bio-informatique des données de séquençage.

Définition du poste et du service.

La plateforme logicielle Vidjil traite les données de séquençage haut-débit dans le cadre de l'analyse de répertoire immunitaire,
et plus particilièrement dans le diagnostic et le suivi des leucémies.
Elle a deux versants, l'un en recherche bioinformatique, l'autre en routine hospitalière.
La plateforme est déjà utilisée en routine hospitalière par plus d'une trentaines d'équipes à travers le monde.

La plateforme repose sur 3 composants principaux:
* Algorithme: pièce centrale du projet codée en C++, elle permet d'analyser les données de séquençage pour en tirer des informations structurées sur le repertoire immunogénétique.
* Serveur: Il permet de manipuler les données, de les charger et les organiser, ainsi que de lancer des pipelines d'analyses bioinformatiques prédéfinis
* Client: Il s'agit d'une page de visualisation interactive permettant aux cliniciens d'explorer les données pour poser un diagnostic.

Le projet rentre en phase d'incubation pour la création d'une startup qui devrait être lancée en fin d'année 2026.
Dans le cadre de ce contrat d'un an, l'ingénieur⋅e prendra en charge les évolutions du logiciel (sur les aspects algorithmiques) prévus sur les prochains mois par le comité scientifique et technique du consortium VidjilNet. L'ingénieur⋅e pourra également participer à du support de premier niveau auprès des utilisateurs, jusqu'à la création de la startup qui assurera ensuite ces missions.

L'employeur sera l'Inria et sera localisé au centre Inria de l'université de Rennes, sur le campus de Beaulieu.
Le contrat sera effectué au sein de l'équipe porteuse du projet de startup composé d'un bioinformaticien et d'un ingénieur logiciel.
Un lien direct sera établi avec les deux enseignants chercheurs ayant developpé le composant algorithmique. Ils suivront et orienteront le développement apporté par l'ingénieur·e.

Salaire à définir selon ancienneté et compétence.

Perspectives

La startup en cours de montage est susceptible de proposer un poste pour un⋅e ingénieur⋅e en bioinformatique en 2027.

Références:

* (algorithm) Cyprien Borée, Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Alignment-free detection and seed-based identification of multi-loci V (D) J recombinations in Vidjil-algo, Peer Community Journal, 5, doi:10.24072/pcjournal.547
* (algorithm) Mathieu Giraud, Mikaël Salson, Marc Duez, Céline Villenet, Sabine Quief, Aurélie Caillault, Nathalie Grardel, Christophe Roumier, Claude Preudhomme, Martin Figeac, Fast multiclonal clusterization of V(D)J recombinations from high-throughput sequencing, BMC Genomics, 15:409, doi:10.1186/1471-2164-15-409
* (web application, updated algorithm, patient/experiment/sample database) Marc Duez, Mathieu Giraud, Ryan Herbert, Tatiana Rocher, Mikaël Salson, Florian Thonier, Vidjil: A web platform for analysis of high-throughput repertoire sequencing, PLOS ONE, 11:e0166126, doi:10.1371/journal.pone.0166126
* (protocol for marker identification in ALL) Patrick Villarese et al., One-Step Next-Generation Sequencing of Immunoglobulin and T-Cell Receptor Gene Recombinations for MRD Marker Identification in Acute Lymphoblastic Leukemia, Immunogenetics, Methods in Molecular Biology 2453, 2022, pp. 43-59, doi:10.1007/978-1-0716-2115-8_3
* (protocol for assessment of mutational status in CLL) Anne Langlois de Septenville et al., Immunoglobulin Gene Mutational Status Assessment by Next Generation Sequencing in Chronic Lymphocytic Leukemia, Immunogenetics, Methods in Molecular Biology 2453, 2022, pp. 153-167, doi:10.1007/978-1-0716-2115-8_10

Mission confiée

D’une part, l'ingénieur·e contribuera au développement et à l’optimisation C++ du composant algorithmique du logiciel Vidjil pour répondre aux perspectives dressées par le comité scientifique et technique pour les prochains mois. En particulier, il s'agira d'une part d'optimiser le traitement effectué et également d'étendre l'approche algorithmique à des situations plus larges afin de répondre aux besoins actuels des hôpitaux.

D'autre part, l'ingénieur⋅e pourra participer au support sur la plateforme lorsque celui-ci sera porté sur le composant algorithmique.
L'ingénieur⋅e prendra également en compte les rapports de bugs et suggestions d’évolutions.
L'ingénieur⋅e peut aussi réaliser des prototypes exploratoires destinés à explorer la faisabilité de certaines demandes d’évolutions.

Principales activités

1. Participer aux développements sur le logiciel, en fonction des priorités définies sur la feuille de route du consortium
2. Fournir un support de premier niveau, intervenir sur les dysfonctionnements.
3. Rendre compte régulièrement du travail entrepris et prévu auprès de ses responsables.
4. Coordonner ses interventions avec les autres personnels travaillant pour le consortium VidjilNet
5. Contribuer à la promotion du consortium VidjilNet
6. L'animation de réunions et séminaires d'échanges avec la communauté
7. Apporter un support en bio-informatique aux utilisateurs de vidjil

Compétences

Compétence recherchées

Compétences techniques attendues

* Maîtriser le développement logiciel, en particulier en C ou en C++
* Des compétences avancées dans certains de ces domaines seraient souhaitées : algorithmes, graphes, automates, arbres, structures de données, complexité
* Avoir des connaisssances sur les languages python et bash
* Avoir une expérience de git

Capacités personnelles

* Diplôme souhaité : M2 bio-informatique ou PhD
* Envie de travailler en équipe, d'échanger avec de nombreuses équipes différentes
* Capacité à communiquer avec des non spécialistes
* Sens de l’organisation, rigueur, esprit critique.
* Capacité à assurer un reporting clair et régulier.
* Maîtrise de l’anglais scientifique, à l’oral comme à l’écrit

Compétences complémentaires:

* Compétences dans les langages ou technologies: gitlab-ci, docker
* Une expérience d’au moins 2 ans serait un plus.
* Expérience en bioinformatique, notamment sur le traitement des données de séquençage à haut débit

Avantages

8. Restauration subventionnée
9. Transports publics remboursés partiellement
10. Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
11. Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
12. Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
13. Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
14. Accès à la formation professionnelle
15. Sécurité sociale