Vous contribuerez à améliorer le modèle et les méthodes de PPanGGOLiN afin de permettre des analyses de pangénomes au niveau du genre, tout en conservant le niveau de détail au niveau de l’espèce.
Les principaux objectifs seront :
· Adapter le modèle de données de PPanGGOLiN et les familles de gènes à différents niveaux taxonomiques, notamment espèce et genre.
· Améliorer la méthode de partitionnement NEM (Neighborhood Expectation‑Maximization) implémentée dans PPanGGOLiN.
· Mettre à jour les méthodes panRGP et panModule pour les adapter au nouveau modèle de données, avec un ajustement des paramètres afin de prendre en compte la diversité génomique accrue au niveau du genre.
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