Ingénieur / ingénieure de recherche scientifique (h/f)

Mission :
Vous intégrerez le groupe compbio@TrEE au laboratoire TIMC (voir contexte) en qualité d'Ingénieur d'Étude au CNRS pour contribuer à deux missions principales :
- mettre en place la pipeline d'analyse d'enzymes de la chaîne de transferts d'électrons dans le cadre du projet ANR ADAPT2Q https://anr.fr/Projet-ANR-23-CE44-0012
- gérer et maintenir les données de génomes utilisées par l'équipe et participer ponctuellement à la mise en place de travaux en groupe au sein de l'équipe

Activités :
Dans le cadre du projet collaboratif ADAPT2Q financé par l'Agence Nationale de la Recherche impliquant l'équipe TrEE du laboratoire TIMC (Grenoble, lieu du recrutement), le laboratoire BIP (Marseille) et le laboratoire LCB (Marseille), nous proposons un contrat d'Ingénieur d'Étude CNRS en bioinformatique de 22 mois. Pour contribuer aux deux missions principales, les activités principales à réaliser seront les suivantes :

1. Mise en place de la pipeline d'analyse d'enzymes
- collecte de séquences des enzymes d'intérêt auprès de nos collaborateurs
- mise en place d'une pipeline d'analyse des séquences protéiques de ces enzymes en plusieurs étapes :
- création et validation de profils HMM pour l'annotation de ces enzymes dans les génomes des bases de données
- annotation des génomes et recueil des séquences d'intérêt
- analyse de séquences (coévolution, clustering, alignement multiple)
- "mapping" de résultats sur la structure 3D des enzymes
- construction de phylogénie des enzymes
- traitement joint des données de phylogénie, de coévolution, de taxonomie et du type de quinones produites (annotations déjà disponibles)
- communication de l'avancée du projet et des résultats obtenus (création de figures sur la base des résultats, de rapports explicatifs et de présentations pour l'équipe et les collaborateurs)

2. Gestion de ressources partagées de compBio@TrEE
- assurer la mise à jour et la maintenance de scripts Python et snakemake pour le téléchargement et l'homogénéisation de données de génomes publics ou privés utilisées par le groupe et pour le projet ADAPT2Q
- assurer la mise en place technique d'évènements ponctuels de l'équipe ("peer programming" et retraite bioinformatique) : recueil et mise en forme des données
- création de notices techniques et documentation en lien avec les ressources partagées (bases de données et serveurs de calcul)
- formation des membres du groupe aux bonnes pratiques mises en place dans l'équipe