Ingénieur-e de recherche en bioinformatique f/h

- Mission principale:


L’ingénieur·e de recherche contribuera au développement et à la mise en œuvre d’analyses bio-informatiques avancées appliquées à la transcriptomique en cellule unique et à la transcriptomique spatiale.

La personne recrutée aura pour mission de concevoir, adapter et déployer des outils permettant d’explorer l’hétérogénéité et les interactions cellulaires dans le microenvironnement tumoral humain, avec un accent particulier sur les populations myéloïdes (monocytes, macrophages, cellules dendritiques).


- Activités principales:


· Identifier, adapter et utiliser des outils et pipelines existants pour l’analyse de données de transcriptomique en cellule unique (scRNA-seq) et de transcriptomique spatiale (technologies de type MERSCOPE, Visium, etc.)

· Développer de nouveaux scripts ou modules bioinformatiques pour l’intégration et la visualisation de données multi-omiques

· Participer à la conception et à la mise en œuvre de stratégies analytiques en collaboration avec les biologistes du laboratoire

· Contribuer à l’annotation, la comparaison et l’interprétation biologique des populations cellulaires identifiées

· Documenter et assurer la reproductibilité des analyses (versioning, documentation, pipeline management)

· Participer à la valorisation des résultats (figures, rapports, contribution à la rédaction d’articles scientifiques)

· Interagir avec les autres bioinformaticiens et ingénieurs de l’Institut Mondor de Recherche Biomédicale (IMRB) pour partager outils et bonnes pratiques



- Autres informations:

· Le poste est situé au sein de l’unité Inserm U955 (Institut Mondor de Recherche Biomédicale, Faculté de Santé de Créteil), dans une équipe spécialisée dans l’étude du microenvironnement immunitaire des tumeurs humaines

· Le travail s’inscrira dans une dynamique pluridisciplinaire associant immunologistes, pathologistes, bioinformaticiens et cliniciens, autour de projets centrés sur la compréhension du rôle des cellules myéloïdes dans la progression tumorale

Le/la candidat·e bénéficiera d’un environnement scientifique riche, d’un accès à des données de haute qualité (scRNA-seq, spatial transcriptomics, imagerie), et de l’appui du réseau de bioinformatique de l’IMRB



· CCD de 24 mois. Renouvelable.

Temps de travail:

· Nombre d’heures hebdomadaires : 38h30min

· Congés Annuels et RTT : 32 CA + 12 ARTT : 44 jours

· Télétravail possible


Connaissances:


· Bonnes connaissances en bioinformatique appliquée à la transcriptomique (scRNA-seq, RNA-seq, spatial transcriptomics).

· Connaissances en biologie moléculaire et cellulaire, idéalement en immunologie et/ou cancérologie.

· Maîtrise des environnements Linux et des langages de programmation usuels en analyse omique (Python, R).

· Connaissance des outils et bibliothèques standards : Scanpy, Seurat, Squidpy, Anndata, etc.

· Compréhension des notions de statistiques et d’apprentissage automatique appliquées aux données biologiques.

· Connaissances souhaitées en gestion de données (Git, Docker, Snakemake ou Nextflow).


Savoir-faire:


· Analyser, interpréter et intégrer des données issues de technologies scRNA-seq et spatiales

· Développer et documenter des pipelines reproductibles

· Gérer des jeux de données volumineux et complexes

· Communiquer efficacement les résultats à des biologistes non spécialistes

· Travailler en collaboration dans un environnement pluridisciplinaire

· Assurer une veille technologique sur les nouvelles approches analytiques


Aptitudes:


· Curiosité scientifique et intérêt marqué pour la biologie et l’immunologie

· Esprit d’équipe, goût pour la collaboration et le partage d’expertise

· Rigueur, sens de l’organisation et autonomie

· Capacité d’adaptation à des projets évolutifs et interdisciplinaires

· Motivation à apprendre et à développer de nouvelles compétences analytiques
Expérience(s) souhaité(s)
· Expérience préalable en analyse de données de transcriptomique en cellule unique (stage, CDD, ou thèse)

· Expérience en traitement ou intégration de données spatiales (Visium, MERFISH, MERSCOPE, etc.) appréciée

· Une expérience dans le domaine de l’immunologie ou du microenvironnement tumoral serait un atout fort

· Participation antérieure à des collaborations multidisciplinaires (biologie/bioinformatique) souhaitée



Expérience(s) souhaité(s):


· Expérience préalable en analyse de données de transcriptomique en cellule unique (stage, CDD, ou thèse)

· Expérience en traitement ou intégration de données spatiales (Visium, MERFISH, MERSCOPE, etc.) appréciée

· Une expérience dans le domaine de l’immunologie ou du microenvironnement tumoral serait un atout fort

· Participation antérieure à des collaborations multidisciplinaires (biologie/bioinformatique) souhaitée


L’Inserm est le seul organisme public français entièrement dédié à la recherche biologique, médicale et en santé des populations. Il dispose de laboratoires de recherche sur l’ensemble du territoire, regroupés en 12 Délégations Régionales. Notre institut réunit 15 000 chercheurs, ingénieurs, techniciens et personnels administratifs, avec un objectif commun : améliorer la santé de tous par le progrès des connaissances sur le vivant et sur les maladies, l’innovation dans les traitements et la recherche en santé publique.

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L'IMRB (U955) est l'un des principaux centres de recherche biomédicale pluridisciplinaire de l'est de la région parisienne. Les équipes de recherche y mènent des travaux de haut niveau en recherche fondamentale et translationnelle dans une diversité de domaines, en lien direct avec les services de santé et un grand nombre de cohortes de patients. Il regroupe près de 700 personnes réparties en 17 équipes de recherche et 5 plateformes technologiques.