L'apprenti.e devra adapter et mettre en oeuvre les techniques spécialisées de séquençage NGS - en particulier sur plateformes Illumina (NextSeq500, MiSeq) et Oxford Nanopore Technologies (Mk1C, P2) - pour réaliser des projets de la plateforme. L'apprenti.e optimisera et utilisera ces techniques aux différentes étapes des projets : de la préparation des échantillons (extraction, purification et qualification des acides nucléiques), à la construction des banques et jusqu'à l'acquisition des données de séquençage à haut débit. Elle participera également au bon fonctionnement de la plateforme (gestion des stocks et des équipements, relation avec le magasin central). Elle aura des interactions avec les autres membres de l'équipe, les services communs et des interlocuteurs extérieurs de la plateforme.
Description de l'employeur
Le Centre National de la Recherche Scientifique est un organisme public de recherche pluridisciplinaire placé sous la tutelle du ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation. Ses 10 instituts scientifiques couvrent tous les champs de la connaissance en biologie, physique, chimie, ingénierie, sciences humaines et sociales, mathématiques, écologie, sciences de l'information et sciences de l'univers.
Le CNRS emploie près de 32 000 personnes, dont plus de 11 000 chercheurs travaillant au sein de 1 144 laboratoires répartis sur tout le territoire national. Les 17 délégations régionales (DR) du CNRS ont un rôle de gestion et d'accompagnement de proximité de ces unités de recherche, en particulier dans le domaine des Ressources Humaines. Pour toute information complémentaire, il est possible de consulter le site Internet du CNRS : http://www.cnrs.fr/
Descriptif du profil recherché
La plateforme PSI recherche un-e étudiant-e de troisième année d'une formation Bac +3 de type Bachelor Universitaire de Technologie (BUT) ou licence professionnelle, spécialisée en Biologie/Biotechnologie.
Conditions particulières d'exercice
- Savoirs / connaissances
- Biologie moléculaire (connaissances générales, pratique et théorique)
- Connaissances théoriques des principes des technologies NGS short et long reads (Illumina et Nanopore)
- Compétences opérationnelles
- Mettre en oeuvre des techniques de base de biologie moléculaire (extraction et purification des acides nucléiques, quantification des acides nucléiques, PCR, qPCR, électrophorèse en gel d'agarose)
- Avoir une expérience de la mise en oeuvre des techniques de séquençage haut-débit sur plateforme Illumina et ONT (construction et qualification de banques NGS, séquençage) serait un plus.
- Appliquer les règles en matière d'hygiène et de sécurité en environnement de laboratoire de recherche
- Adapter un mode opératoire
- Savoir rendre compte
- Transmettre des connaissances à l'écrit comme à l'oral
- Savoirs-être
- Autonomie
- Rigueur
- Sens du travail en équipe
Langues
Langue : A2 à B1 (cadre européen commun de référence pour les langues)
Informations complémentaires
L'Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL UMR5242, http://igfl.ens-lyon.fr) a développé depuis 2012 une plateforme de séquençage d'ADN haut-débit nommée PSI (pour plateforme de séquençage NGS de l'IGFL, http://igfl.ens-lyon.fr/offres-et-technologies/platforms/sequencing-platform). Aujourd'hui, celle-ci est en plein essor : active dans le développement technologique, maîtrisant de nombreuses applications de séquençage (DNAseq, RNAseq, miRNAseq, DualRNAseq, ChIPseq, Bisulfite-seq, séquençage grands fragments), la plateforme possède un parc machine présentant les technologies clés du marché (Illumina et ONT).
La personne recrutée sera placée sous la responsabilité directe de l'un des responsables scientifiques et techniques de la plateforme NGS, Benjamin Gillet, et dépendra administrativement de la direction de l'IGFL. La personne recrutée pourra être aménée à interagir avec les membres de la plateforme et les différents utilisateurs, qu'ils soient membres de l'IGFL ou extérieurs.
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