Responsable du département de données génomiques f/h

Au sein de la Direction des Services Opérationnels et Innovants, le Département de Données Génomiques a pour principales missions de traiter les données de génomique, participer à la mise à disposition d’outils bio-informatiques et apporter son expertise bio-informatique à l’ensemble des collaborateurs du CAD et aux porteurs de projets externes, nationaux ou internationaux. Il contribue à l'exploitation de l'entrepôt de données de santé du CAD.

Les données concernées sont les données de génomique mises à disposition auprès du CAD (BAM/CRAM VCF, données contextuelles) issues de séquençages (principalement WES et WGS). Le traitement intervient sur l’ensemble du cycle de vie de la donnée, depuis l’évaluation de la qualité des données réceptionnées jusqu’à la réalisation de projets en lien avec celles-ci.

Le département travaille en lien étroit avec le CDO et la DSI, notamment pour le développement et la maintenance du Master Data Management de l'entrepôt de données du CAD et le serveur de terminologie et de référentiels. Il participe à la mise en production des outils identifiés, facilite la configuration des outils, teste et valide leur développement et assurer la veille technologique nécessaire à leur maintien dans le temps. Il apporte également une expertise sur les outils et les données de génomiques disponibles au sein du CAD et il peut être amené à participer à des projets de recherche nationaux ou internationaux.

En tant que Responsable de Département, vos missions principales sont :

- Manager le service bio-informatique composé de 3 bio-informaticiens

- S’assurer du bon usage (pertinence des choix logiciels et algorithmiques) et des paramétrages logiciels pour une bonne exécution des logiciels bio-informatiques

- Configurer et optimiser les « pipelines bio-informatiques » pour exploiter au mieux l’infrastructure proposée par le CAD

- Apporter expertise et conseil aux porteurs de projets scientifiques

- Proposer des approches et méthodologies bio-informatiques pour répondre aux problématiques scientifiques des projets

- Contribuer au développement de nouvelles approches bio-informatiques (design, prototypage et documentation)

- Assurer la gestion du catalogue de logiciels bio-informatiques

- Participer à l’identification et à l’évaluation des solutions d’analyse des données génomiques et cliniques répondant aux besoins du CAD, tant en support des projets internes qu’externes

- Exploiter l'entrepôt de données de santé du CAD: traiter les données de génomiques présentes au sein de l'EDS, définir les règles d'exploitation et les automatisations pouvant être appliquées, contribuer à la gestion des terminologies et référentiels




Issu d’une formation supérieure spécialisée en bio-informatique (Doctorat ou Ecole d'Ingénieur), vous évoluez depuis plusieurs années dans l’ingénierie de logiciels bio-informatiques (développement, exploitation). Vous êtes un expert de la manipulation de données « omiques » et des approches bio-informatiques. Vous maîtrisez les moteurs de workflow tels que Snakemake ou Nextflow et le cadre réglementaire appliqué à l’utilisation de données de santé et au développement de logiciels de santé.

Reconnu pour votre esprit d’analyse et votre sens de l’innovation, vous conjuguez expertise métier et capacité à fédérer une équipe. Vous accompagnez vos collaborateurs avec bienveillance et exigence dans une logique de recherche de performance et d’innovation. Vous démontrez de réelles aptitudes à la prise de décision et au développement d’une logique partenariale avec des acteurs variés de l’écosystème de la Santé.


Hadley Search, cabinet de recrutement dédié aux acteurs du secteur public et aux collectivités, recrute pour le Collecteur Analyseur de Données (CAD), un Responsable du Département de Données Génomiques F/H.

Le CAD est un Groupement d’Intérêt Public développé dans le cadre du Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG). Créé le30 novembre 2022, le GIP-CAD regroupe les représentants de l’État (MSP et MESR), les Laboratoires de Médecine Génomique SeqOIA et Auragen, Unicancer, la Conférence des Directeurs Généraux de CHU, le CEA, l’Inria, l’Inserm et France Universités.

Le GIP-CAD a pour but de proposer des services liés à l’activité de soin du PFMG : aide à l’interprétation médicale des examens pangénomiques effectués par les Laboratoires de Médecine Génomique du PFMG, aide à la réanalyse des données et archivage des données de séquençage. Il a également pour objectif de permettre la réutilisation des données de génomique pour la recherche.

Le Plan France Médecine Génomique 2025, initié en 2016, développe les conditions nécessaires à l’accès à tous au diagnostic génétique en France. Il vise 3 objectifs : intégrer la médecine génomique dans le parcours de soins courant et la prise en charge des pathologies, développer une filière nationale de médecine génomique au service des patients capable d’être un levier d’innovation scientifique et technologique et placer la France dans le peloton de tête des grands pays engagés dans la médecine personnalisée.