Ingénieur-e sur l’implémentation d’indicateurs génétiques

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Présentation INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche rassemblant une communauté de travail de 12 000 personnes, avec 272 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France.INRAE se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal. Ses recherches visent à construire des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.


Environnement de travail, missions et activités

-Vous serez accueilli(e) au sein de l’UMR Biogeco, Biodiversité des gènes aux communautés, une unité mixte de recherche sous tutelle d’INRAE et de l’Université de Bordeaux, sur le site “Domaine de l’Hermitage” au 69 route d’Arcachon à Cestas, France. Biogeco compte environ 130 membres du personnel, dont 75 permanents, ainsi que de nombreux étudiants, postdocs, collaborateurs et visiteurs. Ses recherches portent principalement sur la biodiversité, son fonctionnement, l'évolution, l'adaptation, la conservation et la restauration des écosystèmes, principalement les forêts, mais aussi d'autres écosystèmes naturels et anthropisés. Vous pouvez découvrir une présentation de l'unité dans une courte vidéo.

FR

EN

-Votre contrat est financé par le projet collaboratif Recherche-Action FR-IDGE - Cadre mondial de biodiversité et conservation de la diversité génétique en France: Indicateurs génétiques en Hexagone et dans les Outre-mer- entre l’Office Français de la Biodiversité (OFB) et INRAE.

L’objectif principal de FR-IDGEest de faciliter la mise en œuvre en France du Cadre mondial pour la biodiversité (CMB) de la Convention sur la diversité biologique (CDB) par le calcul d’indicateurs génétiques. Ces indicateurs adoptés au sein du CMB pour mesurer l’avancement en matière de conservation de la diversité génétique (Objectif A, Cible 4) doivent être mis en œuvre au sein des pays signataires de la convention sur un ensemble représentatif d’espèces (Hoban et al., 2020, 2021, 2024 ). FR-IDGE prévoit d’appliquer les méthodes du cadre de surveillance du CMB (Mastretta-Yanes et al. 20204a ) pour calculer ces indicateurs génétiques sur au moins 200 espèces d’ici 2029 en vue de la préparation du huitième rapport national à la CDB (attendu pour juin 2029), élargissant ainsi le travail mis en place par l’équipe d’accueil et d’autres collègues lors d’une étude-preuve de concept incluant la France Mastretta-Yanes et al. 2024b ). Les travaux du projet Biodiversa+ GINAMO en collaboration avec l’OFB-MNHN ont déjà permis, lors d’ateliers pour les gestionnaires et décideurs en France (voir le rapport de l’atelier du 7 Fév. 2025 à Paris), de dresser un aperçu concernant la surveillance génétique en France métropolitaine et dans les territoires d’Outre-mer, d’identifier les défis pour l’implémentation en pratique des indicateurs, et la meilleure façon d’aborder ces défis.

Vous serez accueilli(e) par Myriam Heuertz, Pauline Garnier-Géré et leurs collègues à Biogeco INRAE et travaillerez en étroite collaboration avec l’Unité d’Appui à la Recherche Patrinat (Guillaume Gigot, OFB-MNHM), ainsi qu’avec lePôle National des Données de Biodiversité (Yvan Le Bras, MNHN) et GBIF France (Anne-Sophie Archambeau, IRD). Vous communiquerez avec des parties prenantes (gestionnaires de la biodiversité, décideurs) en France pour les tâches spécifiques suivantes :

* Participer à la construction d’un réseau de parties prenantes impliquées dans le calcul des indicateurs génétiques et à l’organisation d’ateliers de formation et d’application des flux de travail disponibles pour les calculs des indicateurs génétiques.
* Consolider l’établissement de la liste d’espèces et collecter les données disponibles (génétiques et/ou proxy non-basées sur l’ADN) pour le calcul des indicateurs génétiques.
* Utiliser, tester et participer à l’amélioration des flux de travail standardisés et réplicables pour le calcul des indicateurs génétiques, sur la base des recommandations de meilleures pratiques proposées par Mastrestta-Yanes et al. (2024a) et le consortium GINAMO.
* Contribuer à la gestion des données du projet.
* Contribuer au rapportage, à la publication et à la valorisation des résultats du projet.

Vous serez amené(e) à voyager occasionnellement, pour les réunions du projet et pour faciliter la coopération avec l’OFB, le Pôle National des Données de Biodiversité et le GBIF.


Formations et compétences recherchées

Licence/Master (Bac+3/5)

-Formation recommandée: Master en Ecologie et évolution avec des connaissances en bioinformatique et en génétique de la conservation, ou similaire.

-Connaissances souhaitées:

* Expérience en analyse de données de génétique/génomique des populations
* Expérience en génétique de la conservation et/ou de l'estimation d'indicateurs génétiques,
* Connaissance de l'environnement de ligne de commande Linux,
* Maîtrise de R et/ou de Python,
* Connaissance de l'application des principes FAIR aux flux de travail informatiques,
* Bonne connaissance opérationnelle du français et de l'anglais (au moins niveau B2).

-Expérience appréciée:

* Intérêt pour la biologie de la conservation appliquée et/ou expérience dans le traitement de données en biologie de la conservation,
* L'intérêt pour la participation à des activités de formation serait un plus,
* Connaissance des plateformes de développement de logiciels telles que GitHub/GitLab,
* Expérience de l'environnement Galaxy,
* Expérience des plans de gestion des données.

-Aptitudes recherchées: capacité à communiquer clairement avec des gestionnaires de la biodiversité, et avec les membres des projets impliqués dans le développement d’indicateurs génétiques au niveau international, aptitude au travail en équipe, aptitudes à la présentation


Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez(selon le type de contrat et sa durée) :

- jusqu'à30 jours de congés+ 15 RTTpar an (pour un temps plein)
- d'un soutienà la parentalité : CESUgarded'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences: formation, conseilen orientation professionnelle ;
- d'un accompagnementsocial : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestationsvacancesetloisirs :chèque-vacances,hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activitéssportivesetculturelles ;
- d'unerestaurationcollective.


Modalités pour postuler

J'envoie mon CV et ma lettre de motivation

Les personnes accueillies à INRAE, établissement public de recherche, sont soumises aux dispositions du Code de la fonction publiquenotamment en ce qui concerne l’obligation de neutralité et le respect du principe de laïcité. A ce titre, dans l’exercice de leurs fonctions, qu’elles soient ou non au contact du public, elles ne doivent pas manifester leurs convictions, par leur comportement ou leur tenue, qu’elles soient religieuses, philosophiques ou politiques.> En savoir plus : site fonction publique.gouv.fr