Ingénieur.e bio-informatique en génomique des arthropodes vecteurs
Date de début : Au plus tôt
Durée : 12 mois
Lieu : Montpellier, France
Salaire : 27-37 K€ brut annuel
Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.
Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.
En savoir plus sur le Cirad : www.cirad.fr
Le Cirad recrute un.e ingénieur.e en bio-informatique pour l'UMR CIRAD/INRAE ASTRE (Animal, Santé, Territoires, Risques, Ecosystèmes). L'objectif est l'amélioration de la santé animale par des approches intégrées, pluridisciplinaires et intersectorielles. La position sera basée à Montpellier, au sein du collectif Vecteurs, composé de 19 agents. Les activités relèvent des activités de référence et de diagnostic, dans le cadre d'une convention avec le Ministère de l'Agriculture.
Vous soutiendrez la recherche sur la caractérisation des interactions hôte-vecteur-microbiote, afin de mieux comprendre l'épidémiologie des maladies transmises par des arthropodes vecteurs. Vous participerez notamment aux études sur la dynamique et l'expansion des populations invasives, la compétence vectorielle, les agents pathogènes et le microbiome des arthropodes, en utilisant des approches de génomique, de génomique des populations, de métagénomique et de metabarcoding.
Les modèles d'arthropodes cibles incluent les tiques dures (Hyalomma) et les moustiques (Culex), en contexte vétérinaire/zoonotique en Méditerranée-Europe et zones tropicales.
Plus précisément, vous serez chargé(e) de :
1. L'assemblage et l'annotation de génomes de trois espèces de moustiques du genre Culex, ainsi que la comparaison des structures génomiques à différentes échelles taxonomiques (au sein du complexe, du genre et de la famille).
2. L'analyse des déterminants génétiques et génomiques des interactions vecteurs-arbovirus via RNAseq.
3. L'analyse de la diversité génétique des arbovirus West Nile et Usutu dans les salives de moustiques.
4. La recherche de SNPs dans des données de capture de séquences sur des tiques Hyalomma, ainsi que l'appui aux analyses de génomique des populations et à la recherche de signatures de sélection.
En collaboration avec les chercheurs et doctorants, vous participerez à l'adaptation de pipelines pour l'analyse de séquences de métagénomique et de metabarcoding de communautés microbiennes de tiques.
Vous transférerez vos compétences en nouvelles approches d'analyse génomique par un soutien technique et méthodologique aux membres des collectifs, aux étudiants (IUT, BTS, Master, doctorat, licence) du Nord et du Sud, ainsi qu'aux partenaires accueillis. Vous serez également impliqué(e) dans la valorisation scientifique en lien avec les responsables de projets.
Avantages sociaux :
13ème mois, assurance sociale complète, activités sociales, culturelles et sportives à prix réduits, flexibilité horaire et télétravail possible.
Contraintes du poste
Travail sur écran supérieur à 4 heures par jour.
Compétences requises
Diplôme : Master 2 en génomique ou bio-informatique.
Expérience d'au moins 1 an en analyse de données NGS (assemblage, mapping, annotation, recherche de motifs), calcul distribué sur cluster (SLURM), et utilisation de gestionnaire de pipelines.
Maîtrise de R et d'au moins un langage de script (Python, Perl).
Connaissances souhaitées : génétique de populations, phylogéographie ou phylogénie.
Capacité à travailler sur divers modèles et avec différents interlocuteurs dans un environnement pluridisciplinaire.
Compétences en communication et pédagogie pour expliquer à des non-bioinformaticiens.
Esprit d'équipe, goût pour la transmission des connaissances, sens relationnel, sens de l'organisation, autonomie et dynamisme.
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