L’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) a été créé en janvier 2007 avec l'ENS de Lyon et le CNRS comme tutelles principales et l'Université Claude Bernard Lyon 1 et l'INRAe comme tutelles secondaires.
L'IGFL est une unité de recherche dédiée à la science de la découverte où nous mettons en place une recherche dite «fondamentale» qui vise à faire progresser la connaissance. En effet, nous cherchons à comprendre le vivant, en particulier comment le génome façonne le développement, la physiologie et l'évolution des organismes multicellulaires et pour ce faire nous étudions des organismes modèles et non modèles.
L'unité est constituée d'équipes de recherche partageant une vision commune de la science et un intérêt pour la biologie intégrative et multidisciplinaire. Nous sommes investis dans la formation de jeunes scientifiques et diffusons nos recherches auprès du grand public. Bien que notre recherche soit essentiellement fondamentale, nous cherchons également à transférer nos découvertes à la société et au secteur économique.
Dans nos laboratoires nous utilisons une variété d'approches expérimentales : bioinformatique / biologie comparative / génétique / épigénétique / génomique / biochimie / imagerie / modélisation qui sont mises en œuvre par des scientifiques aux profils et aux compétences variées : généticiens, génomiciens, biologistes du développement, biologistes cellulaires, biologistes moléculaires, biologistes évolutionnistes, paléobiologistes, physiologistes, biochimistes, biologistes computationnels, modélisateurs et bioinformaticiens. Cette multidisciplinarité est un marqueur fort de l’environnement de recherche de l’IGFL.
Mission
L'ingénieur-e d'études participera aux développements et aux expériences de la plateforme Spatial-Cell-ID. Cette plateforme met en place des pipelines de transcriptomique spatiale chez divers organismes en utilisant des techniques d’imagerie et de génomique de pointe. L'ingénieur-e d'études développera chez Arabidopsis un pipeline d’imagerie multiplexée MERFISH 3D (Multiplexed Error-Robust Fluorescence In Situ Hybridization). Le MERFISH 3D permet la visualisation de centaines de gènes in situ en 3D grâce à des cycles multiples d’hybridation in situ par fluorescence d’ARN et d’imagerie en utilisant un appareillage de microfluidique couplé à un microscope.
Activités
* Développer des techniques et conduire, en adaptant les conditions expérimentales, un ensemble de protocoles pour la mise en place d’expériences de smFISH/MERFISH.
* Concevoir et optimiser des expériences dans le cadre d’un domaine d’étude de la biologie
* Rédiger des rapports d’expériences ou d’études, des notes techniques
* Participer à la gestion des moyens techniques
* Assurer une veille scientifique et technologique dans son domaine d’activité
* Mettre en œuvre une démarche qualité et un suivi métrologique des équipements
Environnement et contexte de travail
Dans le cadre du projet Spatial-Cell-ID, l‘ENS recrute un(e) Ingénieur(e) d’études H/F qui se sera localisé à l’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL, ENSL). L’IGFL abrite toute l’infrastructure (Microscope 3D STED couplé à un appareillage de microfluidique et une salle de bio-informatique) nécessaire au développement d’une pipeline complète de 3D MERFISH allant du design des sondes à l’analyse des données. La production des échantillons se fera au laboratoire Reproduction et Développement des Plantes (RDP), sur le site de l’ENSL.
Relation hiérarchique
L’ingénieur-e d’études sera placé(e) sous la responsabilité de Jonathan Enriquez co-porteur d’un projet EXPLOR’AE (INRAe) qui finance le développement du 3D MERFISH chez la plante. Il/Elle sera également supervisé par Teva Vernoux co-porteur du projet EXPLOR’AE et du projet Spatial-Cell-ID. L’ingénieur-e d’études pourra également rendre compte à la direction du laboratoire ou de l’institut selon l’organisation en place.
Relations fonctionnelles
L‘Ingénieur(e) d’études travaillera avec un groupe de travail de l’EquipEx+ Spatial-Cell-ID composé de biologistes, microscopistes et bio-informaticiens. Il travaillera également en étroite collaboration avec l’équipe de Teva Vernoux au RDP (laboratoire Reproduction et Développement des Plantes) pour mettre en place le 3D MERFISH chez les plantes.
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