VOS MISSIONS :
Etude comparative de la diversité phénotypique et moléculaire entre des souches historiques de Trichosporon sp hébergées dans la Collection des Champignons (CFIP) et des souches actuelles collectées au Centre de Référence des Mycoses Invasives et Antifongiques (CNRMA).
a.Révision taxonomique des souches historiques de la collection CFIP identifiés comme Trichosporon spp. Comparaison des données microbiologiques et moléculaires à celles issues du CNRMA
b.Optimisation de l'extraction d'ADN génomique en vue de séquençage génome entier
Révision taxonomique des souches historiques de la collection CFIP identifiés comme Trichosporon spp.
Appliquer et valider les modes de préparation et d'analyse d'assurance qualité concernant :
a.Mise en culture sur des milieux adaptés, préparation d'examens microscopiques et mise en conservation
b.Détermination des vitesses et de températures de croissance sur milieux spécifiques
c.Production des profils protéiques par spectrométrie de masse MALDI-TOF (participation projet MALDIbank)
d.Détermination de la sensibilité aux antifongiques par méthode standardisé (EUCAST)
e.Extraction d'ADN génomique
f.Amplification par PCR de gènes d'intérêt en vue de séquençage multilocus
g.Analyse des séquences et recherche de similarité sur les bases de séquences disponibles
Comparer les données générées à partir des souches de la CFIP aux données disponibles au CNRMA
a.Comparaison phénotypique (morphologie, vitesse de croissance)
b.Comparaison des spectres MALDI-TOF
c.Comparaison des profils de sensibilité aux antifongiques
Optimiser de la méthode d'extraction d'ADN génomique pour les souches de Trichosporon pour améliorer la concentration et pureté de l'ADN.
a.Comparaison des protocoles d'extraction disponibles
b.Dosages des ADN par Nanodrop et Qubit
c.Rédaction de la procédure assurance qualité
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