Création d’un index distribué pour les données génomiques

Contexte et atouts du poste

Ce poste est proposé dans le cadre du projet OmicFinder, dont l'objectif est de créer un moteur de recherche pour indexer et interroger des séquences dans un grand nombre de bases de données génomiques.

Les données génomiques permettent des avancées cruciales en médecine, en écologie, en agronomie et en surveillance des océans. Une limitation majeure est qu’il est impossible d’interroger l’intégralité de ces données. L’objectif du projet OmicFinder est de lever ce verrou et de permettre l'exploitation complète et globale des séquences générées, permettant aux utilisateurs d'effectuer des requêtes dans les données de séquençage brutes à la volée afin d'exploiter au mieux les ressources disponibles dans les sciences de la vie.

Le candidat ou la candidate devra travailler dans l’équipe Zenith de l’Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique (Inria) à Montpellier. Plusieurs équipes d'Inria participent au projet et apportent des compétences en termes d'algorithmique, d'indexation, etc. Il y a aussi des partenaires externes qui participent aux développements algorithmiques et à la validation des résultats.

Mission confiée

La mission confiée à la personne recrutée est le développement d’un index distribué. Pour cela, elle s’appuiera sur un index centralisé existant, sur les approches de distribution développées dans l’équipe Zenith, et sur les nouveaux développements conjoints des équipes impliquées dans le projet OmicFinder pour définir les principes d’un index distribué destiné aux données génomiques.

Principales activités

Les principales activités de la personne recrutée sont les suivantes :

1. Étudier l’état de l’art sur les index pour les données génomiques.

2. Concevoir un index distribué pour de grands volumes de données génomiques.

3. Développer l’index conçu en collaboration avec les partenaires du projet.

4. Développer un système de requête pour interroger l’index.

5. Participer à la rédaction des articles scientifiques pour valoriser les résultats de recherche.

Compétences

6. Bonne connaissance des index et des systèmes distribués.

7. Maîtrise du langage de programmation C++.

Avantages

8. Restauration subventionnée
9. Transports publics remboursés partiellement
10. Congés: 7 semaines de congés annuels + 10 jours de RTT (base temps plein) + possibilité d'autorisations d'absence exceptionnelle (ex : enfants malades, déménagement)
11. Possibilité de télétravail (après 6 mois d'ancienneté) et aménagement du temps de travail
12. Équipements professionnels à disposition (visioconférence, prêts de matériels informatiques, etc.)
13. Prestations sociales, culturelles et sportives (Association de gestion des œuvres sociales d'Inria)
14. Accès à la formation professionnelle
15. Participation mutuelle (sous conditions)

Rémunération

A partir de 2692 € brut mensuel (selon diplôme et expérience).