Ingénieur d'études - caractérisation moléculaire des mécanismes de la recombinaison homologue h/f

Contexte : L'équipe de recherche travaille sur le mécanisme de recombinaison homologue (RH), en tant que voie de réparation des lésions de l'ADN (cassures et arrêts de réplication). Une dérégulation ou une déficience de la recombinaison homologue peut entrainer la cancérogenèse mais en même temps, paradoxalement, la recombinaison homologue peut elle aussi être responsable d'une instabilité du genome, en promouvant des rarrangements par des mechanismes deviés de sa fonction principale.

Dans la RH, une serie d'étapes bien definies se deroulent de façon tres regulée : il y a d'abord la résection qui permet la formation de longs fragments d'ADN simple brin au niveau de la cassure ou de la fourche de réplication, puis l'assemblage des recombinases sur cet ADN simple brin pour permettre la recherche d'une séquence homologue pour recopier et réparer l'ADN endommagé. Il y a donc des échanges génétiques qui impliquent la formation d'intermédiaires avec des structures complexes. La reconstitution biochimique de certaines étapes de la RH permet la caracterisation fine de l'activité des acteurs d'intérêt sur l'ADN grace à l'observation par EM des complexes nucleoprotéiques et des intermediaires formés dans les réactions. Notre équipe de recherche est spécialisée dans cette observation et caractérisation de l'ADN et des complexes ADN-protéines. Pour cela nous avons développé un certain nombre de techniques de fabrication et d'observation des échantillons soit à partir d'ADN/ARN et protéines purifiés, soit par extraction de l'ADN à partir des cellules cultivées dans différents contextes.
Projet : Le candidat sera impliqué dans plusieurs projets de collaboration avec des chercheurs de l'Institut Curie (INCA principalement) ayant tous pour objectif la reconstitution des réactions d'invasion de brin et de formation de l'intermediaire D-loop, jusqu'à sa stabilisation et son extension par des polymerases, à l'aide de substrats ADN et de protéines purifiées. Il-elle apprendra à réaliser les échantillons pour leur observation en EM. Il-elle deviendra autonome pour manier le microscope et analyser les échantillons d'ADN. Enfin, il-elle mettra en place des outils d'analyse statistique pour identifier et caractériser les structures. L'objectif de la mission sera d'aller de la réalisation des réactions reconstitués de formation de la D-loop à leur observation et leur caractérisation en EM. Il est également possible que le-la candidat-e soit impliqué dans des projets d'analyse structurale de certains comples d'intérêt en cryo-EM.
Activités
Purification d'ADN et de substrats d'ADN synthetiques. Purification de protéines et préparation de réactions biochimiques. Puis réalisation des échantillons pour la (cryo)microscopie électronique, adaptation des méthodes d'étalement, observation et analyse des molécules d'ADN.
Compétences
Expérience en biochimie et biologie moléculaire. Compétences appréciées : experience en biochimie et purification de protéines, connaissances dans le domaine de la réparation de l'ADN, la chromatine - Bonne autonomie, bonne communication avec les membres de l'équipe - Aimer le travail d'équipe - Rigueur scientifique, - Compréhension de l'anglais lu (niveau A2/ B1).
Contexte de travail

Environnement de travail :
Gustave Roussy est un institut de soins, de recherche et d'enseignement qui prend en charge des patients atteints de tout type de cancer, à tout âge de la vie. L'Institut intègre à la fois des activités de recherche fondamentale, de recherche translationnelle et de recherche clinique, sources d'innovations thérapeutiques et d'avancées diagnostiques. Gustave Roussy axe principalement ses travaux de recherche autour de la médecine moléculaire personnalisée, de l'immunothérapie et de la réparation de l'ADN.

Équipe de recherche :
L'Équipe'Réparation des cassures double brin, stress replicatif et intégrité du génome' est rattachée à l'UMR9019 CNRS - Intégrité du génome et cancer. Constituée d'un directeur de recherche, une Chargée de recherche, une Ingénieure de Recherche, une Ingénieure d'Étude, un directeur de recherche émérite et 4 étudiants en thèse, l'équipe s'organise en deux pôles d'activité, l'un utilisant des approches de microscopie électronique (EM) et d'imagerie moléculaire pour étudier les réactions biochimiques reconstituées de réparation de l'ADN, et un autre construisant des systèmes in vivo et exploitant des méthodes de génétique et de biologie moléculaire et cellulaire. Parmi ces approches multiples, l'équipe a récemment développé une méthodologie pour caractériser les intermédiaires de l'ADN par EM après enrichissement à partir de cellules et développé une expertise en Cryo-EM pour résoudre les structures de complexes ADN-protéine pertinents dans le contexte des voies de réparation de l'ADN.