Bio informaticien en recherche developpeur gestionnaire pipelines bioinformatiques (f./h.) (h/f)

[53724] CHU DE MONTPELLIER
Grade Grille de référence I.H.
Type de contrat Contractuels acceptés
Pourcentage d'activité 100%
DÉFINITION :
Immun4Cure (I4C) est institut hospitalo-universitaire (IHU) dont l'objectif est de développer de nouvelles thérapies innovantes afin de lutter contre les maladies auto-immunes. Ce projet ambitieux repose tout d'abord sur un volet clinique important comprenant différentes cohortes de patients associées à différentes maladies auto-immunes comme le lupus, l'arthrite rhumatismale ou la sclérodermie. Par ailleurs, I4C fonde aussi son effort sur de la recherche fondamentale autour de l'auto-immunité centrée sur les pathologies visées en clinique. Les travaux de recherche tant fondamentaux qu'auprès des patients impliquent des technologies de génomique à haut débit et donc des données volumineuses et complexes. Ces données seront acquises selon des modalités diverses : transcriptomique, protéomique, séquençage de l'ADN, imagerie. Les technologies utilisées seront-elles aussi diverses et parmi les plus avancées : cellules uniques, biologie spatiale, images, séquençage Illumina mais aussi en long reads, etc
Horaires : 9h-18h Repos : samedi-dimanche
ACTIVITÉS PRINCIPALES :
 Développement de scripts implémentant les pipelines génomique et transcriptomique
 Gestion des versions de ces scripts.
 Développement des progiciels et programmation nécessaires à l'exploitation des données biologiques et médicales
 Formation de personnes aux techniques et procédures de son domaine, et à leur application
 Paramétrage des outils, logiciels, systèmes relevant de son domaine d'activité
 Participation aux publications scientifiques et médicales en interne ou externe
 Traitement et analyse de l'information/données médicale et/ou biologique : extraction, regroupement, représentation graphique
 Veille professionnelle
ACTIVITÉS SPÉCIFIQUES LIÉES AU POSTE :
 Diffuser et valoriser les résultats et réalisations technologiques sous forme de rapports, brevets, publications, présentations orales.
 Analyse des données OMICS (génomique et transcriptomique)
CORRESPONDANCE STATUTAIRE (grade) :
 Ingénieur hospitalier
 Catégorie A
Description du profil recherché:
SAVOIR ETRE REQUIS :
 Méthode et rigueur
 Motivation
 Esprit d'équipe
 Adaptabilité
 Organisation
 Autonomie
 Précision
 Dynamisme
 Esprit d'initiative
 Sens du relationnel
PRÉREQUIS INDISPENSABLES :
 Une intégration parfaite et aussi indispensable avec le ou la gestionnaire du système de base de données relationnel.
 Une bonne culture générale en bio-informatique avec l'expérience de plusieurs types de données.
 BAC + 5
PRÉREQUIS SOUHAITÉS :
 Méthodes agiles
 Familiarité avec un système de développement de workflow bio-informatique, par exemple Nextflow
 Une expérience préalable dans un environnement de production
PARTICULARITÉS DU POSTE :
 Forte interaction attendue avec les bio-informaticiens spécialistes des différents types de données qui apporteront aide et conseils
 Programmation en Python, requêtes SQL et bases de données
Horaires : Horaires normaux