Chercheur en biologie intégrative des écosystèmes marins (h/f)

Position and assignments

Quelle sera votre mission ?

Vous mènerez des activités de recherche s'inscrivant dans les différents projets en cours au sein de l'unité en interaction étroite avec les autres cadres de recherche de l'unité :

1. Étude de la dynamique et de la structure du microbiome par des approches OMICs, intégrant les différents phyla (bactéries, archées, protistes, micro algues et virus), dans les systèmes d'élevage et dans les écosystèmes lagonaires, dans un contexte de changement climatique et de pressions anthropiques ;
2. Étude de la dynamique et de la structure du microbiome en relation avec des phénotypes de réponses contrastées (mortalités, accumulation métaux, polluants...) sur des espèces marines d'intérêt économique et/ou écologique (étude de l'holobionte) ;
3. Caractérisation écologique d'espèces de microorganismes potentiellement néfastes et/ou toxiques dans les écosystèmes lagonaires et agrosystèmes (vibrio, algues toxiques...) ;
4. En particulier sur le modèle de crevette exploité (Penaeus stylirostris) : étude d'une potentielle gestion des communautés microbiennes en élevage afin d'optimiser les performances d'élevage, dans un contexte de suppression des antibiotiques en écloserie; et évaluation de l'impact de nouvelles pratiques zootechniques (utilisation de nouveaux ingrédients pour la nutrition animale telles que les farines d'insectes, ou de probiotiques) sur leur microbiome et l'état physiologique des crevettes ;

Pour répondre à ces questions, les travaux conduits s'intéresseront principalement à deux composantes du compartiment microbien : la diversité et structure des procaryotes et les producteurs primaires en interaction étroite avec le cadre de recherche s'intéressant à l'écophysiologie des microalgues (toxiques et non toxiques).

Vous participerez à la réflexion pour la mise en place de nouvelles infrastructures expérimentales en biologie marine.

Au sein de l'UMR Entropie, vous serez en charge de la coanimation scientifique de l'enjeu « Diversité, structure et rôle du microbiome dans les écosystèmes marins » en collaboration avec un autre membre de l'UMR basé à la Réunion.

Quelles seront vos activités ?

5. Définition et mise en oeuvre des actions de recherche sur l'écologie microbienne (dynamique et fonctionnelle) des systèmes d'élevage et du milieu « naturel » environnant en lien étroit avec les autres chercheurs de l'UR et de l'UMR Entropie ;

6. Développement des partenariats scientifiques et techniques avec les organismes partenaires, localement, régionalement ou avec les unités de métropole ;

7. Montage et financement de projets de recherche collaboratifs ;

8. Participation à la formation par la recherche (encadrement étudiants, thèse).

9. Valorisation des résultats obtenus et contribution à la communication des travaux menés (présentations, publications, ...)

10. Animation scientifique de l'enjeu « Diversité, structure et rôle du microbiome dans les écosystèmes marins », participation aux comités de pilotage de l'UMR et à l'animation inter-enjeux.

Avec qui allez-vous travailler ?

11. En interne : Chercheurs, techniciens et administratifs de l'implantation Ifremer en Nouvelle-Calédonie ou d'autres unités ultramarine ou métropolitaines sur des thématiques similaires
12. En externe : Personnels de l'UMR Entropie et plus largement du CRESICA (Consortium pour la Recherche l'Enseignement Supérieur et l'Innovation en Nouvelle-Calédonie) : chercheurs et techniciens IRD, UNC, IAC, IPNC...
13. Au niveau régional : chercheurs d'autres organismes (eg. Cawthron, CSIRO...)

Geographic mobility:

International

Telework

Part time

Profile

Qui êtes-vous ?

14. Doctorat en microbiologie, biologie et dynamique des populations, écologie
15. Expériences professionnelles / Post-doctorats souhaités

Vous avez les compétences, connaissances et expériences suivantes :

16. Connaissances en écologie microbienne marine (procaryotes et protistes)
17. Ecologie quantitative
18. Maitrise des outils de suivi des communautés microbiennes in situ (outils moléculaires, ADNe, qPCR,...)Maitrise des traitements bioinformatiques des données brutes de séquençage (short reads, long reads, ADN et ARN)
19. Maitrise des outils et méthodes d'analyses de données (statistique, bioinformatique...)
20. Expérience dans la conduite et la mise en place d'expériences
21. Des expériences professionnelles (postdoctorales) au sein d'universités et/ou instituts de recherche reconnus dans la thématique sont des atouts pour le poste.
22. Compétences en gestion de projet,
23. Capacité à développer des projets de recherche et à obtenir des financements compétitifs
24. Anglais obligatoire

Vous avez les qualités suivantes :

25. Aptitude à l'encadrement et au travail d'équipe
26. Capacités rédactionnelles et de communication en français et en anglais
27. Très bonne capacité à travailler en équipe et à collaborer avec des partenaires académiques, institutionnels et des politiques publiques.
28. Goût pour le travail de terrain et d'analyse de données.
29. Rigueur scientifique