H/f ingénieur biologiste en analyse des données

Vos missions en quelques mots Missions : La personne recrutée aura pour mission de participer à la coordination du flux de données planctoniques généré par des imageurs et cytomètres automatisés, depuis l’acquisition jusqu’à leur bancarisation dans les plateformes européennes dédiées. La Elle contribuera également au développement et à l’opérationnalisation de Démonstrateurs de Cas d’Usages (Demonstrator Use Cases – DUC) du projet Européen Horizons DTO-BioFlow, permettant de démontrer l’intérêt d’un flux de données harmonisé au sein du Jumeau Numérique de l'Océan (Digital Twin of the Ocean - DTO). Activités : • Participer à la structuration de flux complets de données, conversion des fichiers bruts, extraction d’images, harmonisation, classification, contrôle qualité et intégration dans les plateformes et/ou bases de données (EcoTaxa, EMODnet). • Assurer la qualité, la traçabilité et la cohérence des données en appliquant les standards et vocabulaires contrôlés utilisés par les infrastructures européennes. • Contribuer à l’amélioration des protocoles et outils de traitement, en collaboration avec les partenaires scientifiques et techniques du projet. • Participer à l’analyse automatisée des images planctoniques (méthodes de classification supervisées, extraction de signaux). • Réaliser une veille scientifique sur les méthodes d’imagerie, d’automatisation et d’intégration de données. • Contribuer à la rédaction de rapports techniques, protocoles, synthèses destinés au consortium DTO-BioFlow. • Développer, tester et documenter les scripts et outils facilitant le traitement et la mise en forme des jeux de données. • Participer à la mise en œuvre des Démonstrateurs de Cas d’Usage, en mobilisant les données harmonisées pour l’analyse et l’évaluation des services scientifiques du DTO. • Identifier les besoins et contraintes liés aux DUC et proposer des évolutions du flux de données pour y répondre. Contexte de travail : Le CDD s’inscrit dans le cadre du projet européen DTO-BioFlow, qui contribue au développement de la composante biodiversité du Digital Twin Ocean (DTO) visant à intégrer, harmoniser et valoriser les données de biodiversité marine à l’échelle européenne. La personne recrutée travaillera en étroite collaboration étroite avec les partenaires impliqués dans : • le WP3.2, dédié à la construction du flux de données issu des réseaux d’observation planctoniques, • le WP4, consacré au développement et à l’évaluation des Démonstrateurs de Cas d’Usage. Le poste impliquera des interactions régulières avec des ingénieurs, techniciens et chercheurs des laboratoires européens engagés dans le projet. Profil recherché Competences : • Connaissances en océanographie biologique, écologie planctonique ou diversité du phytoplancton. • Connaissances des indices de diversité et des indicateurs d’état des habitats pélagiques • Familiarité avec les systèmes d’imagerie planctonique ou de cytométrie en flux. • Utilisation d’un ou plusieurs langages de programmation (Python, R ; C++ apprécié). • Connaissance des environnements Unix/Linux et des outils collaboratifs (Git/GitHub). • Compréhension des standards utilisés dans les infrastructures européennes (Darwin Core, principes FAIR). • Capacité à coordonner un flux de travail complexe et à travailler en réseau. • Rigueur, sens de l’organisation, capacités analytiques. • Très bonne autonomie et adaptabilité. • Maîtrise de l’anglais (niveau professionnel). Contraintes et risques : Travail au bureau avec utilisation intensive d’outils informatiques. Déplacements possibles en France ou à l’étranger pour des réunions de travail, ateliers ou présentations scientifiques. Des missions ponctuelles sur le terrain peuvent être envisagées selon les besoins du projet. Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 7 Master/diplômes équivalents Spécialisation Sciences naturelles (biologie-géologie) Langues Français Seuil