Mission :
La mission consistera à analyser des données métagénomiques (shotgun) à l'aide de divers outils bioinformatiques. À l'aide de notre cluster de calcul, la personne recrutée réalisera des analyses bioinformatiques afin d'identifier, de caractériser et de quantifier : (i) les communautés microbiennes, et (ii) les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) au niveau des lectures de séquençage, des assemblages et des génomes reconstitués (MAGs). À partir de ces analyses, la personne recrutée devra détecter et semi-quantifier les bactéries pathogènes et les ARG et devra relier ces résultats à des facteurs environnementaux et les analyser statistiquement.
Activités :
identifier, caractériser et quantifier :
- les communautés microbiennes,
- les gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) au niveau des lectures de séquençage, des assemblages et des génomes reconstitués (MAGs).
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