Post-doctorat en écologie microbienne h/f

Vos missions en quelques mots Missions : Au CNRS, l'ISTO propose un poste de post-doc pour mener une étude des cycles du fer et du carbone dans les eaux noires tropicales (projet ANR TICAR). Le/la post-doctorant(e) contribuera au projet TICAR en développant une approche associant traceurs enzymatiques et moléculaires afin d’étudier le rôle de l’activité microbienne dans interactions entre les cycles du carbone et du fer dans les zones d’alimentation des ruisseaux et rivières d’eaux noires tropicales. L’objectif principal sera d’identifier de nouveaux traceurs du métabolisme Fe–C et de caractériser les mécanismes microbiens impliqués dans le stockage ou la mobilisation du fer et du carbone en fonction des conditions environnementales et des variations saisonnières. Activités : Le/la post-doctorant(e) participera à la collecte et à la sélection des échantillons prioritaires (eaux/sédiments) issus des différentes tâches du projet TICAR, puis réalisera les analyses enzymatiques permettant d’évaluer l’activité microbienne associée à la dégradation de la matière organique. Ces travaux incluront notamment la mesure des activités de β-glucosidase et de phénoloxydase à l’aide de méthodes fluorimétriques et colorimétriques adaptées aux matrices environnementales étudiées. Le/la candidat(e) mettra également en œuvre des approches de biologie moléculaire afin d’identifier les microorganismes impliqués dans les processus d’oxydation et de réduction du fer. Il/elle réalisera l’extraction d’ADN et d’ARN environnementaux, les analyses de diversité microbienne par métabarcoding 16S ainsi que la quantification par qPCR de gènes fonctionnels impliqués dans les processus redox du fer et l’absorption du fer par les plantes. Une partie des travaux portera également sur l’analyse métagénomique shotgun d’échantillons sélectionnés afin de caractériser le potentiel métabolique global des communautés microbiennes. Le/la post-doctorant(e) participera à l’interprétation intégrée des qu’il/elle génèrera avec les données géochimiques et isotopiques, mesurées parallèlement par les partenaires du projet, ceci afin d’identifier de nouveaux traceurs du métabolisme couplé fer-carbone. Il/elle contribuera à la valorisation scientifique des résultats à travers la rédaction de rapports, de publications scientifiques et la participation aux réunions et échanges avec les partenaires du projet. Ainsi, ces actions scientifiques permettront 1) de développer de nouveaux traceurs du métabolisme associé au couplage des cycles fer–carbone et 2) d’identifier des organismes et les fonctions métaboliques impliqués dans le stockage ou la libération du fer et du carbone selon les conditions environnementales. Contexte de travail : Ce poste s’inscrit dans le cadre du projet TICAR financé par l’ANR, portant le traçage des Interactions Fer-Carbone dans les zones sources des Rivières Noires Amazoniennes. Ce projet étudie le rôle des zones humides tropicales, et en particulie Voir plus sur le site emploi.cnrs.fr Profil recherché Competences : La personne recrutée devra être titulaire d’un doctorat en microbiologie environnementale. Une bonne maîtrise des techniques microbiologiques enzymatique et moléculaires sont importantes et une expérience dans l’une ou/et l’autre de ces techniques sera/seront appréciées. Le poste requiert autonomie, rigueur, capacité à acquérir de nouvelles techniques et esprit critique, ainsi qu’une capacité à travailler en équipe internationale à l’interface entre différentes disciplines. Contraintes et risques : La proposition de développer de nouveaux outils en tant que marqueurs du cycle du fer, sur la base des gènes proposés dans la litérature pour le cycle du fer, comporte des risques en raison des difficultés liées à l’étude du métabolisme des bactéries ferro-réductrices ou ferro-oxydantes in-situ (sur le terrain), car celui-ci est associé à diverses stratégies métaboliques liées aux cycles du carbone et de l’azote. Cependant, ces informations combleront une lacune dans les connaissances et fourniront des données utiles en complément des autres approches, qui portent sur les activités enzymatiques, l'abondance bactérienne, les états du fer et les compositions isotopiques. Par ailleurs, le poste s’inscrit dans un environnement international impliquant de nombreux partenaires académiques en France et au Brésil. Le candidat devra être disposé à participer à des réunions, ateliers et collaborations scientifiques internationales, notamment dans le cadre de campagnes de terrain un milieu équatorial chaud et humide (forêt amazonienne). Une certaine mobilité est donc attendue, ainsi qu’un goût pour les échanges scientifiques interdisciplinaires. Un profil dynamique, ouvert et capable de s’intégrer rapidement dans un réseau collaboratif sera particulièrement apprécié. Niveau d'études minimum requis Niveau Niveau 8 Doctorat/diplômes équivalents Spécialisation Formations générales Langues Français Seuil