Le/la candidat.e travaillera dans le cadre du projet de l’ANR EARSCAPE qui vise à identifier et comprendre les facteurs qui modèlent la sensibilité auditive humaine des populations saines vivant dans des environnements contrastés. L’objectif du projet est, par approche pluridisciplinaire combinant éco-acoustique, physiologie de l’audition, anthropologie et génomique des populations, d’explorer les interactions entre facteurs environnementaux et génétiques impliqués dans la variabilité de la sensibilité auditive et d’éclairer les mécanismes d’adaptation au paysage sonore.
Au sein de ce projet, le chercheur ou la chercheuse aura pour mission principale de détecter et caractériser les signatures génomiques de sélection potentiellement associées à la sensibilité auditive dans des populations humaines exposées à des environnements acoustiques contrastés.
Activités
● Réaliser des analyses bioinformatiques en génomique des populations
● Réaliser de analyses de données de séquençage haut-débit
● Développer des pipelines d’analyse des signaux de sélection
● Rédiger des articles scientifiques
● Participer à des congrès scientifiques nationaux et internationaux
Compétences
Les candidats doivent être titulaires d’un doctorat en génomique des populations, anthropologie génétique ou bioinformatique génomique. Un intérêt ou une expérience dans l’analyse de données de populations humaines, incluant des aspects anthropologiques, socio-culturels ou d’inférence démographique, sera valorisé.
Compétences métier
● Compétences en l’analyse de données ADN (short-reads illumina et éventuellement long-reads type HiFi PacBio)
● Compétences en génomique des populations et détection de sélection
● Compétences en annotation structurale et fonctionnelle de génomes eucaryotes
● Compétences en analyses phylogénétiques et évolutives de familles de gènes
● Connaissances fondamentales en génomique des populations et/ou théories éco-évolutives
● Interprétation et mise en forme des résultats obtenus (publications)
● Maîtrise des langages de programmation (Bash, Python, R), des outils de gestion de code et d’environnements logiciels (Gitlab, Conda, cluster de calcul de type HPC, etc.), ainsi que des outils d’interfaçage appliqués aux systèmes d’exploitation en génomique (moteur de workflows)
Compétences relationnelles
● Compétences linguistiques : très bon niveau d’anglais et compétences en communication
● Capacité à travailler de manière autonome, à communiquer, et travailler en équipe
● Ouverte d'esprit : intérêt pour les théories évolutives, l’anthropologie génétique, l’analyse des génomes, etc.
● Le chercheur ou la chercheuse serait idéalement motivé.e, curieux/curieuse et enthousiaste à l’idée de travailler au sein d’une équipe collaborative, d’avoir des échanges étroits avec les bio-informaticiens, analystes, et l’ensemble des équipes de recherche impliquées dans l’ANR EARSCAPE (principalement 2 sites : CRBE à Toulouse et unité Eco-Anthropologie Paris).
Contexte de travail
La personne recrutée sera basée au Musée de l'Homme à Paris au sein de l'unité Eco-Anthropologie UMR 7206 (https://ecoanthropologie.fr/fr) et en interaction régulière avec l’UMR5300 Centre de Recherche pour la Biodiversité et l’Environnement.
L’UMR 7206 est une unité pluridisciplinaire dont les statutaires (100 personnes) appartiennent à six équipes dans des disciplines allant de la génétique des populations, théorique et appliquée, à l’ethnologie et l’ethnoécologie, en passant par la primatologie, la biodémographie humaine, l’anthropologie biologique, l’archéo-anthropologie et la linguistique. La personne recrutée sera accueillie au sein de l’équipe AGene (https://ecoanthropologie.fr/fr/anthropologie-genetique-agene-6043) dont les recherches se concentrent sur trois axes : l’histoire du peuplement et l’inférence des processus démographiques, (ii) l’adaptation des populations humaines à leur environnement, et (iii) les interactions entre les processus génétiques et culturels dans l’espèce humaine. Elle interagira principalement avec B. Toupance et E. Heyer.
L’UMR5300 Centre de Recherche pour la Biodiversité et l’Environnement est une unité de recherche qui étudie l’influence de l’environnement et des changements environnementaux sur la terre vivante, homme inclus, notamment par le biais One-Health. La personne recrutée sera en interaction avec les membres du département de biologie évolutive qui s’intéresse à comprendre les mécanismes évolutifs agissant sur le génome et les conséquences au niveau de la diversité phénotypique, pour une grande diversité d’organismes. (https://crbe.cnrs.fr/departement-biologie-evolutive/ P. Balaresque, N. Brucato).
La personne recrutée sera basée au Musée de l'Homme à Paris au sein de l'unité Eco-Anthropologie UMR 7206 (https://ecoanthropologie.fr/fr) et en interaction régulière avec l’UMR5300 Centre de Recherche pour la Biodiversité et l’Environnement.
L’UMR 7206 est une unité pluridisciplinaire dont les statutaires (100 personnes) appartiennent à six équipes dans des disciplines allant de la génétique des populations, théorique et appliquée, à l’ethnologie et l’ethnoécologie, en passant par la primatologie, la biodémographie humaine, l’anthropologie biologique, l’archéo-anthropologie et la linguistique. La personne recrutée sera accueillie au sein de l’équipe AGene (https://ecoanthropologie.fr/fr/anthropologie-genetique-agene-6043) dont les recherches se concentrent sur trois axes : l’histoire du peuplement et l’inférence des processus démographiques, (ii) l’adaptation des populations humaines à leur environnement, et (iii) les interactions entre les processus génétiques et culturels dans l’espèce humaine. Elle interagira principalement avec B. Toupance et E. Heyer.
L’UMR5300 Centre de Recherche pour la Biodiversité et l’Environnement est une unité de recherche qui étudie l’influence de l’environnement et des changements environnementaux sur la terre vivante, homme inclus, notamment par le biais One-Health. La personne recrutée sera en interaction avec les membres du département de biologie évolutive qui s’intéresse à comprendre les mécanismes évolutifs agissant sur le génome et les conséquences au niveau de la diversité phénotypique, pour une grande diversité d’organismes. (https://crbe.cnrs.fr/departement-biologie-evolutive/ P. Balaresque, N. Brucato).
Contraintes et risques
NA
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