Ingénieur(e) chercheur en bioinformatique h/f

Depuis la pandémie de COVID-19, le CNRGH est également devenu un contributeur clé du consortium Obépine, qui vise à développer des stratégies de surveillance épidémiologique des maladies infectieuses basées sur l’analyse des eaux usées. Initialement centré sur le SARS-CoV-2, le projet Obépine cible désormais l’émergence d’un large éventail de pathogènes.


Dans ce contexte, nous recherchons un(e) ingénieur(e) chercheur ou un(e) postdoctorant(e) afin de réaliser l’analyse bioinformatique, l’interprétation des données de séquençage à haut débit issues d’échantillons d’eaux usées, ainsi que la mise en œuvre d’approches innovantes en génomique virale.


Le/la candidat(e) devra :


· Mettre en œuvre et optimiser des pipelines bioinformatiques pour l’analyse de génomes viraux issus d’échantillons environnementaux complexes, conformément aux bonnes pratiques et aux recommandations de la communauté scientifique.


· Traiter et analyser des données provenant de multiples plateformes de séquençage, notamment Oxford Nanopore Technologies, Illumina, Element Biosciences et PacBio, générées par des approches d'enrichissement ciblé et/ou de métagénomique.


· Contribuer au développement de cadres analytiques robustes pour la surveillance des pathogènes dans les eaux usées. Cela inclut la reconstruction de génomes viraux, l’analyse de variants, l’assignation d’haplotypes et l’interprétation de données métagénomiques provenant d’échantillons hétérogènes et bruités.


· Collaborer étroitement avec les scientifiques expérimentateurs afin d’intégrer la conception expérimentale et l’analyse bioinformatique, de fournir des solutions de reporting aux équipes expérimentales et de soutenir le développement d’approches innovantes et fiables pour la surveillance des pathogènes dans les eaux usées.


· Contribuer à la valorisation scientifique des travaux à travers des présentations en congrès, des publications scientifiques et une documentation rigoureuse des développements bioinformatiques réalisés.