Ingénieur bio-informaticien (h/f)

RESPONSABILITÉS :

L'ingénieur(e) travaillera dans l'équipe " Mécanismes moléculaires de la dynamique des chromosomes " dirigé par Daniele Fachinetti (https://institut-curie.org/team/fachinetti ) qui s'intéresse plus particulièrement à la dynamique des centromères et leur rôle dans l'instabilité du génome.
L'ingénieur(e) bio-informaticien contribuera à la découverte des mécanismes moléculaires régulant l'identité, la maintenance et la fonction des centromères. Notamment, leur rôle dans la mauvaise ségrégation des chromosomes, l'aneuploïdie et le chromothripsis dans le cancer ; grâce à l'analyse d'ensembles de données de séquençage à haut débit et à l'échelle du génome.
Ce poste implique une analyse intégrative des données WGS, scWGS, RNA-seq, scRNA-seq, Nanopore et PacBio afin d'identifier les facteurs génétiques et épigénétiques qui impacts l'héritage chromosomique et la stabilité génomique.
Plus précisément, l'accent sera mis sur l'analyse des centromères dans un contexte d'instabilité génomique au cours du développement et de la progression du cancer. Notamment i) le rôle de la dynamique des centromères et de l'aneuploïdie dans l'apparition des neuroblastomes et ii) la manière dont le chromothripsis contribue au dysfonctionnement des centromères, à l'origine de la tumorigenèse.
L'ingénieur(e) travaillera en étroite collaboration avec des biologistes expérimentaux pour analyser les données omiques liées à la progression du cycle cellulaire, du timing de réplication et à l'architecture de la chromatine, en soutenant une approche multidisciplinaire pour comprendre la maintenance et l'instabilité du génome.
Les publications de l'équipe sont disponible ici : https://institut-curie.org/team/fachinetti#publications

PROFIL RECHERCHÉ :

Profil du candidat
Qualifications et expériences (recommandées)
- Master ou doctorat en bio-informatique ou en biologie avec expérience en bio-informatique
- Maîtrise de Bash, R et Python
- Familiarité avec les environnements de calcul à haute performance (HPC)
- Expérience dans l'analyse du séquençage à longue lecture (Long-read)
- Expérience dans le séquençage de génomes entiers (WGS) à lecture courte (short-read)
- Expérience dans l'analyse transcriptomique, y compris scRNAseq
- Bonne communication interpersonnelle, travail d'équipe et sens de l'organisation
- Capacité à apprendre par soi-même et à résoudre des problèmes dans le cadre du travail
- Solides compétences en matière de rédaction et de documentation
- Flexibilité et compétences en matière de gestion du temps pour gérer plusieurs projets en parallèle.
- Maîtrise de l'anglais (écrit et oral)

La préférence sera donnée aux candidats ayant une expérience dans l'analyse de séquençage à longue lecture.

Toutes nos opportunités sont ouvertes aux personnes en situation de handicap.
Informations complémentaires
- Lieu : Institut Curie, rue d'Ulm, 75005 Paris.
- Contrat : 18 mois, possibilité de prolongation jusqu'à 3 ans ( COD ).
- Date de début : dès que possible.
- Temps de travail : temps plein.
- Rémunération : selon les grilles en vigueur.
- Avantages : restauration collective, remboursement des frais de transport à hauteur de 70 %, complémentaire santé.

Comment postuler
Les candidats intéressés doivent envoyer leur CV, lettre de motivation et les coordonnées de leurs références.
L'Institut Curie est un employeur inclusif et égalitaire et applique des normes strictes en matière d'intégrité de la recherche.
https://euraxess.ec.europa.eu/sites/default/files/brochures/eur_21620_en-fr.pdf